ร็อคแมนเอ็กเซ่ ได้แนวคิดมาจากเทคโนโลยีสารสนเทศที่ใช้ชีวิตประจำวันของมนุษย์เป็นหลักซึ่งองค์ประกอบต่างๆของเกมนั้นได้มาจากระบบอินเทอร์เน็ตต่างๆซึ่งต่างจากร็อคแมนซีรีส์อื่นๆที่มีเนื้อหาเกี่ยวกับหุ่นยนต์จักรกลที่ใช้ชีวิตกับมนุษย์

การดำเนินเนื้อหาของซีรีส์นี้ได้แตกต่างจากร็อคแมนทุกๆภาคคือซีรีส์นี้ได้ดำเนินเนื้อเรื่องที่ไม่ได้ต่อจากซีรีส์ร็อคแมนภาคอื่นแต่อย่างใด โดยถูกจัดเป็นซีรีส์โลกคู่ขนานของร็อคแมนซึ่งไม่ได้มีส่วนเกี่ยวข้องกับร็อคแมนยุคใดๆเลยทั้งสิ้นโดยซีรีส์นี้ได้นำตัวละครจากซีรีส์ ร็อคแมน, ร็อคแมน X, ร็อคแมน DASH มาทำในรูปแบบเวอร์ชันของซีรีส์นี้อีกด้วย