ฝนในฤดูฝนนั้น เกี่ยวข้องกับกระแสลมที่เรียกว่าลมมรสุม ซึ่งส่งผลต่อรูปแบบของการเกิดฝนของพื้นที่ในเขตร้อนและกึ่งเขตร้อน โดยฝนในฤดูฝนนี้ ส่วนมากมักจะตกในช่วงบ่ายแก่ๆถึงค่ำ[2] เนื่องมาจากแสงอาทิตย์ ที่ส่องในช่วงกลางวันทำให้พื้นดินร้อนขึ้น แล้วทำให้อากาศที่มีความชื้นสูงจากการพัดเอาความชื้นจากทะเลอันดามันของลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้มาสู่ประเทศไทย ลอยตัวสูงขึ้นและก่อตัวเป็นเมฆในชั้นบรรยากาศ[3]ชั้นโทรโปสเฟียร์ช่วงบน ซึ่งมีอุณหภูมิต่ำ โดยจะมีการสะสมหยดน้ำไปเรื่อยๆ เมื่อสะสมจนถึงจุดหนึ่งที่บรรยากาศรับน้ำหนักไอน้ำไม่ไหว ก็จะตกลงมาเป็นฝน ซึ่งฝนชนิดนี้เรียกว่า ฝนที่เกิดจากการพาความร้อน (convective rain) ซึ่งมักจะตกพอดีกับช่วงเย็น และมักมีการกระจายของฝนเป็นหย่อมๆไปทั่ว

นอกจากการพาความร้อนแล้ว ฝนในฤดูฝนยังสามารถมาจากการพาดผ่านของร่องความกดอากาศต่ำ (Low-pressure through) หรือชื่อทางวิชาการว่า แนวปะทะอากาศแห่งเขตร้อน (Intertropical Convergence Zone, ITCZ) [4] ซึ่งเกิดจากการประทะหรือพัดสอบกันของลมค้าตะวันออกเฉียงใต้จากซีกโลกใต้กับลมค้าตะวันออกเฉียงเหนือจากซีกโลกเหนือ ซึ่งทำให้เกิดการยกตัวของอากาศขึ้นสู่ชั้นบรรยากาศจนเป็นสาเหตุให้เกิดฝนตกชุกในบริเวณที่มีการพาดผ่านของแนวร่องความกดอากาศต่ำนี้ สำหรับฝนชนิดนี้ มีชื่อเรียกว่า ฝนที่เกิดจากแนวปะทะอากาศแห่งเขตร้อน (Intertropical Convergence Zone Rain)[5]

สำหรับในประเทศไทย การพาดผ่านของแนวร่องความกดอากาศต่ำนี้จะเริ่มประมาณเดือนเมษายนในบริเวณภาคใต้ แล้วจึงเริ่มเกิดการเคลื่อนไปพาดในแถบภาคกลาง ภาคตะวันออก ภาคเหนือ และตะวันออกเฉียงเหนือ ในเดือนพฤษภาคมและมิถุนายนตามลำดับ จากนั้น ประมาณปลายเดือนมิถุนายนจะเลื่อนขึ้นไปพาดผ่านบริเวณประเทศจีนตอนใต้ซึ่ง ทำให้ปริมาณฝนลดลงในช่วงดังกล่าว ซึ่งกินเวลาประมาณ 1-2 สัปดาห์ แต่บางครั้งก็อาจจะยาวนานถึง 1 เดือนได้ ซึ่งเรียกปรากฎการณ์นี้ว่าว่า ฝนทิ้งช่วง จากนั้นประมาณเดือนสิงหาคม ร่องความกดอากาศต่ำก็จะเริ่มเลื่อนลงมาพาดผ่านประเทศไทยอีกครั้ง ทำให้เกิดฝนตกชุกต่อเนื่องอีกครั้ง[6]

นอกจากนี้แล้ว พายุหมุนเขตร้อนก็ถือเป็นอีกหนึ่งปัจจัยในการก่อฝนในฤดูฝน โดยมักจะมีช่วงในการเกิดประมาณเดือนมิถุนายน-ธันวาคม ฝนที่เกิดจากพายุหมุนเขตร้อนนี้ จะมีลักษณะการตกเป็นบริเวณกว้างครอบคลุมบริเวณที่พายุเคลื่อนผ่าน ประกอบกับมีลมพัดแรงด้วย[7] อย่างไรก็ตาม ฝนในเขตใกล้เส้นศูนย์สูตร หรือในเขตภูมิอากาศแบบป่าดิบชื้น จะมีปริมาณฝนในแต่ละเดือนที่สม่ำเสมอตลอดทั้งปี[8]