รัฐบาลลาวอิสระใช้เวลา 6 เดือนที่จะพยายามจัดตั้งสิทธิการปกครอง โดยจัดตั้งกองกำลังป้องกันประเทศ ที่มีเจ้าสุพานุวงเป็นผู้นำ และได้รับความช่วยเหลือจากเวียดมิญและรัฐบาลจีน อย่างไรสถานการณ์ในขณะนั้น ได้มีเหตุการณ์สำคัญที่ทำให้ฝรั่งเศสกลับมาปกครองลาวอีก คือข้อตกลงระหว่างโฮจิมินห์กับรัฐบาลฝรั่งเศสในวันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2489 และข้อตกลงในการถอนทหารจีน ทำให้รัฐบาลลาวอิสระถูกโดดเดี่ยว และอ่อนแอทางด้านการทหารมากเมื่อเทียบกับฝรั่งเศส

นอกจากจะไม่ได้รับความช่วยเหลือจากต่างประเทศ ลาวอิสระยังมีความขัดแย้งภายในองค์กร ลาวอิสระมีผู้สนับสนุนในเมืองน้อย และไม่ได้รับการสนับสนุนจากชนเผ่าต่างๆ ทำให้แนวคิดการเป็นเอกราชของลาวอิสระล้มเหลว นอกจากนั้น ลาวอิสระไม่สามารถจัดการการเงินของประเทศที่เหมาะสมได้ กองทัพต้องการงบประมาณสูง และเจ้าสุพานุวงปฏิเสธที่จะแสดงบัญชีการใช้จ่าย ในเวลาช่วงสั้นๆ ลาวอิสระไม่มีเงินสำหรับการบริหาร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง กระต่าย ดอนสะโสฤทธิ์ อนุมัติเงินใหม่ตอนต้นปี พ.ศ. 2489 แต่พิมพ์ด้วยกระดาษคุณภาพต่ำจนใช้งานไม่ได้ จนเขาได้รับฉายาว่ากระต่ายใบตองแห้ง[4] จนกระทั่งปลายเดือนเมษายน พ.ศ. 2489 ฝรั่งเศสเข้ายึดครองเวียงจันทน์และเข้าสู่หลวงพระบางในเดือนพฤษภาคม ผู้นำลาวอิสระจึงลี้ภัยมายังประเทศไทย