องค์การอนามัยโลกระบุว่า ข้อมูลแสดงว่าวัคซีนปลอดภัยดี และการเกิดผลไม่พึงประสงค์แสดงว่า ไม่มีอะไรโดยเฉพาะที่น่าเป็นห่วงเกี่ยวกับความปลอดภัย[38]ผลไม่พึงประสงค์ที่สามัญสุดรวมการเจ็บปวดที่จุดฉีด ล้า ปวดหัว ปวดกล้ามเนื้อ และปวดข้อ[38]ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐรายงานอาการแพ้รุนแรง (แอนาฟิแล็กซิส) ในอัตรา 2.5 กรณีใน 2.5 ล้านโดสที่ฉีด จึงแนะนำให้รอสังเกตอาการเป็นเวลา 15 นาทีหลังฉีด[57]ปฏิกิริยาทางผิวหนังที่จุดฉีดที่เกิดหลังจากนั้น โดยปรากฏเป็นผิวหนังแดงเหมือนผื่นก็พบในกรณีที่มีน้อย แต่ไม่จัดว่ารุนแรง หรือเป็นข้อห้ามใช้ไม่ให้ฉีดโดสต่อไป[58]

อัตราการเกิดผิวหนังแดงเหมือนผื่นใกล้ ๆ จุดฉีดอยู่ที่ 10.8% และในกรณีที่เกิด 1.9% อาจใหญ่ถึง 10 ซ.ม. หรือยิ่งกว่า[59]ในวันที่ 23 มิถุนายน ศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐได้ยืนยันว่ากล้ามเนื้อหัวใจอักเสบ (myocarditis) หรือเยื่อหุ้มหัวใจอักเสบ (pericarditis) อาจเกิดในเยาวชน 13 รายในล้านคน โดยมากเป็นผู้ชายอายุเกิน 16 ปีผู้ได้รับวัคซีนโมเดอร์นาหรือไฟเซอร์และโดยมากก็ฟื้นตัวอย่างรวดเร็วเมื่อได้การรักษาและการพักผ่อนที่เพียงพอ[60]