องค์การทางสาธารณสุขต่างๆ รวมทั้งองค์การอนามัยโลก ได้แนะนำให้ผู้ที่อยู่ในกลุ่มเสี่ยงต่อการป่วยภาวะแทรกซ้อนของไข้หวัดใหญ่ และผู้ดูแลหรืออาศัยอยู่ใกล้ผู้ป่วยกลุ่มเสี่ยง ได้รับวัคซีนไข้หวัดใหญ่ประจำปี ทุกปี ซึ่งผู้ป่วยกลุ่มเสี่ยงเหล่านี้ได้แก่

• ผู้สูงอายุ
• ผู้ป่วยโรคปอดเรื้อรัง เช่น หอบหืด ปอดอุดกั้นเรื้อรัง ถุงลมโป่งพอง ฯลฯ
• ผู้ป่วยโรคหัวใจเรื้อรัง เช่น หัวใจพิการแต่กำเนิด หัวใจวายเรื้อรัง โรคหัวใจขาดเลือด
• ผู้ป่วยโรคตับเรื้อรัง เช่น ตับแข็ง
• ผู้ป่วยโรคไตเรื้อรัง เช่น ไตวายเรื้อรัง กลุ่มอาการเนโฟรติก
• ผู้ป่วยภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ติดเชื้อเอชไอวี ผู้ป่วยเอดส์ ผู้ได้รับยากดภูมิคุ้มกัน เคมีบำบัด ได้รับสเตียรอยด์ระยะยาว และผู้ที่ดูแลผู้ป่วยเหล่านี้
• ผู้ที่อาศัยอยู่รวมกันเป็นจำนวนมากซึ่งไข้หวัดใหญ่อาจระบาดได้รวดเร็ว เช่น ในคุก สถานดูแล โรงเรียน หอพัก ค่ายทหาร
• ผู้ให้บริการทางสาธารณสุข เพื่อไม่ให้เจ็บป่วย และไม่ให้นำโรคไปติดผู้ป่วย
• หญิงตั้งครรภ์ (บทวิเคราะห์ พ.ศ. 2553 สรุปแล้วว่ายังไม่มีหลักฐานเพียงพอที่จะแนะนำให้มีการให้วัคซีนไข้หวัดใหญ่ชนิดรวม 3 เชื้อแก่หญิงตั้งครรภ์ไตรมาสแรกทุกคนเป็นพื้นฐาน)
• เด็กอายุ 6 เดือนถึง 2 ปี