อุโบสถ กว้าง ๒๙ เมตร ยาว ๕๘ เมตร สร้างเมื่อ ประมาณสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลายเป็นอาคารก่ออิฐถือปูน หลังคาไม้ทรงไทยลด ๓ ชั้น ประดับด้วยช่อฟ้าใบระกา มีวิหารคดรอบอุโบสถประดิษฐานพระพุทธรูปจำนวน ๑๒๐ องค์
ศาลาการเปรียญ กว้าง ๒๐ เมตร ยาว ๒๕.๕๐ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๔ เป็นอาคารไม้ทรงไทย
หอสวดมนต์ กว้าง ๑๑ เมตร ยาว ๒๒ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ. - เป็นอาคารไม้ทรงไทย
กุฏิสงฆ์ เป็นอาคารไม้ทรงไทย ๓ หลัง
ศาลาไทย เป็นอาคารไม้ทรงไทย กว้าง ๙.๕๐ เมตร ยาว ๑๔.๕๐ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๓
ศาลาบำเพ็ญกุศล กว้าง ๒๑ เมตร ยาว ๔๐ เมตร สร้างด้วยคอนกรีตเสริมเหล็ก ๑ หลัง
พิพิธภัณฑ์หนังใหญ่วัดขนอน แบบเรือนไม้ทรงไทย กว้าง ๑๗ เมตร ยาว ๒๓ เมตร
พิพิธภัณฑ์วัดขนอน (โบราณวัตถุ) แบบเรือนไม้ทรงไทย กว้าง ๑๕.๕๐ เมตร ยาว ๑๙ เมตร

เขตวัดขนอน

ชื่อวัดขนอน มาจากการที่เคยเป็นจุดตั้งด่านเก็บภาษีอากร เปลี่ยนชื่อเมื่อ พ.ศ ๒๔๔๗ ตั้งวัดเมื่อ ก่อน พ.ศ. ๒๓๐๐ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อก่อน พ.ศ. ๒๓๐๐

การตั้งวัด ที่ตั้ง วัดมีเนื้อที่ ๕๕ ไร่ - งาน ๔๐ ตารางวา อาณาเขต
ทิศเหนือ ยาว ๑๑ เส้น ๑ วา จด
ทิศใต้ ยาว ๘ เส้น ๑๓ วา จด
ทิศตะวันออก ยาว ๕ เส้น ๕ วา จด แม่น้ำแม่กลอง
ทิศตะวันตก ยาว ๖ เส้น ๑ วา จด

ลักษณะพื้นที่ตั้งวัดและบริเวณโดยรอบพื้นที่วัดเป็นลักษณะสี่เหลี่ยมผืนผ้า แบ่งออกเป็น ๓ ส่วน คือ ส่วนที่เป็นวัด ส่วนที่เป็นโรงเรียน และส่วนที่เป็นลานปฏิบัติธรรมและป่าไม้

การศึกษา ได้มีการเปิดสอน
๑. โรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกธรรม เปิดสอนเมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๓
๒. โรงเรียนประถมศึกษา ตั้งอยู่ในที่ดินวัด เนื้อที่ ๖ ไร่ ๒ งาน

สาธารณประโยชน์แก่ชุมชน
๑.ห้องสมุดประจำวัด
๒.ห้องสมุดประจำโรงเรียน
๓.หน่วย อ.ป.ต.(หน่วยอบรมประชาชนประจำตำบล)

ศาลาการเปรียญ

ศาลาการเปรียญ กว้าง ๒๐ เมตร ยาว ๒๕.๕๐ เมตร สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๔ เป็นอาคารไม้ทรงไทย

เขตพระอุโบสถ

เขตพระอุโบสถเป็นเขตที่สถาปนาขึ้นใหม่ในสมัยในรัชกาลที่ 5 โดยจำลองสถาปัตย์วิหารหลวงวัดสุทัศน์

พระอุโบสถ

อุโบสถ แต่เดิมอุโบสถมีรูปแบบลักษณะใดไม่มีหลักฐานปรากฏ ต่อมาหลวงปู่กล่อมหรือพระครูศรัทธาสุนทร (จนฺทโชโต) ได้บูรณปฏิสังขรณ์ช่อม-สร้าง เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๕๐ ได้เริ่มทำการก่อสร้างใหม่โดยมีช่างชาวจีนเป็นแม่งาน ในการก่อสร้างหลวงปู่กล่อม เป็นผู้ออกแบบคิดประดิษฐ์ผูกลายประตู หน้าต่าง หน้าบัน ฯลฯ โบสถ์ใหม่ที่หลวงปู่กล่อมสร้างขึ้นนั้น มีลักษณะคล้ายกับพระวิหารหลวงของวัดสุทัศน์เทพวราราม

ลักษณะของพระอุโบสถเป็นอาคารทรงไทย ก่ออิฐถือปูน หลังคาเครื่องไม้มุงกระเบื้องลดชั้น ๓ ชั้น ซ้อนกันชั้นละ ๓ ตับ มีมุขลดทั้งด้านหน้าและด้านหลังด้านละ ๑ ห้อง โดยมีเสาสี่เหลี่ยม ๔ ต้น รองรับโครงหลังคา ด้านข้างมีชายคาปีกนกคลุมมีเสาสี่เหลี่ยมรองรับด้าน ๆ ละ ๙ ต้น ช่อฟ้าใบระกาปูนปั้นประดับกระจก หน้าบันปูนปั้นลวดลายพันธุ์พฤกษาตรงกลางเป็นรูปวงกลม ฐานพระอุโบสถยกพื้น ๒ ชั้น ชั้นแรกอยู่ในแนวเดียวกับเสารองรับชายคา ปีกนก ตั้งซุ้มใบเสมาปูนปั้นย่อมุมไม้สิบสอง

ผนังด้านหน้าและด้านหลังก่ออิฐถือปูนเรียบ มีประตูทางเข้าด้านละ ๒ ประตู ซุ้มประตูปูนปั้นทรงเจดีย์ บานประตูไม้แกะสลักลงรักปิดทองประดับกระจก ลวดลายดอกไม้กลมส่วนล่างเป็นภาพทวารบาลยืนถืออาวุธ ซุ้มประตูด้านหลังบริเวณมุมซุ้มด้านขวาตอนบน มีจารึกภาษาไทย คำว่า “เจกหัว” ซึ่งอาจจะหมายถึงชื่อของนายช่างชาวจีน ผนังด้านข้างก่ออิฐถือปูนมีช่องหน้าต่างด้านละ ๗ ช่อง บานหน้าต่างไม้แกะสลักลงรักปิดทองประดับกระจก ลวดลายตอนบนเป็นลายตาข่ายดอกไม้ ตอนล่างเป็นลายรูปสัตว์ ลวดลายของบานหน้าต่างแต่ละบานจะไม่ซ้ำกัน ด้านหน้าพระอุโบสถมีบันไดเตี้ย ๆ ขึ้นทางด้านข้าง เสาบันไดมีภาพจิตรกรรมจีนและอักษรจีน ด้านหนึ่งมีอักษรภาษาไทยว่า “โบษเจ๊กทำงาม”

ภายในพระอุโบสถประดิษฐาน พระพุทธรูปศิลาแลงประทับนั่ง แสดงปางมารวิชัย ศิลปะสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย – ต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ด้านข้างซ้าย-ขวามีพระอัครสาวกยืนพนมมือ ฐานชุกชีด้านหลังพระประธานประดิษฐาน พระพุทธรูปปูนปั้นประทับนั่ง แสดงปางมารวิชัย และปางสมาธิ ศิลปะรัตนโกสินทร์ สมัยรัชกาลที่ ๕ อีก ๑๐ องค์ และ พระอัครสาวกยืนพนมมือ

ภายนอกพระอุโบสถมีระเบียงคตก่ออิฐถือปูนล้อมรอบ มีซุ้มประตูทางเข้าอยู่ทั้งสี่ทิศ ภายในระเบียงมีพระพุทธรูปปูนปั้น ปางมารวิชัย จำนวน ๑๒๐ องค์ ประดิษฐานรายรอบเจดีย์ราย ตั้งอยู่ด้านหน้า พระอุโบสถเรียงกันเป็นแถวจำนวน ๖ องค์ ลักษณะเป็นเจดีย์ก่ออิฐถือปูนย่อมุมไม้ สิบสอง ฐานเจดีย์เป็นฐานสิงห์ซ้อนกัน สองชั้น องค์ระฆังขนาดเล็กมีบัวรองรับปากระฆัง ส่วนยอดมีบัลลังก์สี่เหลี่ยมรองรับชุดบัวคลุ่มเถาและปลียอด ด้านหลังพระอุโบสถมีเจดีย์ทรงระฆังก่ออิฐถือปูนขนาดใหญ่ ฐานเจดีย์เป็นฐานบัวทรง สี่เหลี่ยม รองรับฐานบัวกลมและชุดมาลัยเถาโดยที่ชั้นมาลัยเถานี้จะมีซุ้มพระ ๘ ซุ้ม ซ้อนกันเป็นสองชั้นชั้นละ ๔ ซุ้ม องค์ระฆังกลมมีสายสังวาลรัด ส่วนยอดมีบัลลังก์สี่เหลี่ยมรองรับบัวและปลียอด ลักษณะของส่วนยอดคล้ายกับเจดีย์มอญ

อีกด้านหนึ่งของถนนด้านหน้าวัด มีเจดีย์อยู่ ๑ องค์ ลักษณะเป็นเจดีย์ก่ออิฐถือปูนทรงระฆังสีขาวนวล ตั้งอยู่บนฐานสี่เหลี่ยมมีกำแพงสี่เหลี่ยมทึบเตี้ยๆ ล้อมรอบ ฐานด้านล่างเป็นฐานบัวกลมซ้อนกัน๓ ชั้นองค์ระฆังมีการตกแต่งปูนปั้นรูปใบโพธิ์ทั้ง ๔ ด้านส่วนยอดเป็นมาลัยเถาและปลียอด

พระเจดีย์

เจดีย์ในอุโบสถ์ประการด้วยเจดีย์ย่อมุมไม้สิบสองจำนวน 5 องค์ พระปรางค์ 1 องค์

พระมหาเจดีย์

พระมหาเจดีย์ฐานเดียว สร้างขึ้นในรัชสมัยรัชกาลที่ 5 มีพระพุทธรูปในซุ้มเจดีย์ทั้ง 8 ทิศ บรรจุพระธาตุ

ประวัติความเป็นมาของพิพิธภัณฑ์ “ด่านขนอน” (โดยย่อ) วัดขนอนเป็นสถานที่ ที่เคยเป็นด่านเก็บภาษีอากรที่เรียกว่า “ด่านขนอน” มาตั้งแต่สมัยโบราณ จึงเป็นแหล่งการศึกษาเกี่ยวกับเศรษฐกิจกับสังคมในยุคก่อน ทั้งวัดขนอนยังมีทรัพย์สินที่เหลือจากการส่งเข้าท้องพระคลัง ซึ่งนายด่านขนอนถวายเอาไว้ให้เป็นสมบัติของวัดก่อนที่จะมีการเลิกด่านขนอนไป โดยมากเป็นสินค้าที่ได้มากจากการเก็บจังกอบชนิด “ สิบหยิบหนึ่ง ” หรือ“ ภาษีถ้วยโถโอชาม” มีเครื่องลายคราม เครื่องเบญจรงค์ และโบราณวัตถุเป็นจำนวนมาก จึงเหมาะกับการเป็นสถานที่เรียนรู้ทั้งทางด้านเศรษฐกิจสังคม ประวัติศาสตร์และศิลปวัฒนธรรม ในสมัยโบราณได้เป็นอย่างดี

ประวัติความเป็นมาของพิพิธภัณฑ์ (โดยย่อ) หนังใหญ่วัดขนอน สร้างขึ้นเมื่อสมัยรัชการที่ ๕ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์โดยเป็นลักษณะของหนังราษฎร์(หนังชาวบ้าน) โดยท่านพระครูศรัทธาสุนทร (หลวงปู่กล่อม) ได้ชักชวนช่างพื้นบ้านร่วมกับช่างหลวงประจำจังหวัดราชบุรีมาร่วมสร้างขึ้น เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับรามเกียรติ์ ออกแสดงตามงานต่าง ๆโดยเป็นมหรสพของวัดขนอนภายหลังยุคสงครามโลกครั้งที่สอง วัฒนธรรมตะวันตกเข้ามามีอิทธิพลไม่ว่าจะเป็น ภาพยนตร์ดนตรี ฯลฯ หนังใหญ่จึงหายไปจากสังคมไทยต่อมาเมื่อสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี เสด็จเยี่ยมชมวัดขนอนจึงได้มีพระราชดำริให้ทางวัดขนอนได้จัดทำหนังใหญ่ชุดใหม่ขึ้นใช้แทนชุดเก่า และโครงการจัดสร้างพิพิธภัณฑ์เก็บรักษาหนังใหญ่ชุดเดิมเอาไว้ วัดขนอนจึงได้ร่วมมือกับหน่วยงานราชการต่าง ๆ โดยมีมหาวิทยาลัยศิลปากร ซึ่ง คุณหญิงไขศรี ศรีอรุณ ขณะนั้นท่านดำรงตำแหน่ง อธิการบดี เป็นกำลังสำคัญในการจัดทำหนังใหญ่ชุดใหม่ โดยใช้งบบริจาค ๒ ล้านบาทเศษ ผศ.สน สีมาตรัง เป็นฝ่ายดูแลและควบคุมการทำหนังใหญ่ฯ เมื่อปีพ.ศ. ๒๕๓๘ ดำเนินการจัดทำแล้วเสร็จ จึงได้นำขึ้นถวายสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี พระองค์ทรงพระราชทานให้ วัดขนอนไว้ใช้ในการแสดงสืบไป และทรงให้ทางวัดขนอนส่งเสริมการฝึกหัดเยาวชนเชิดหนังใหญ่เล่นดนตรีไทยและแกะสลักหนังใหญ่เอาไว้ด้วยส่วนตัวเรือนพิพิธภัณฑ์ ทางวัดได้ผาติกรรมหอสวดมนต์เก่าของวัดซึ่งเป็นเรือนไม้ทรงไทยมาสร้างโดยได้รับงบสนับสนุนครั้งแรกจากรัฐบาล เป็นจำนวนเงิน ๕ ล้านบาท ซึ่งออกแบบตัวเรือนพิพิธภัณฑ์โดย ผศ.สมใจ นิ่มเล็ก และการตกแต่งภายในใช้งบประมาณจากมหาวิทยาลัยศิลปากรจำนวน ๑ ล้านบาท ออกแบบโดย รศ.พงศ์ศักดิ์ อารยางกูร จัดสร้างแล้วเสร็จเมื่อปีพ.ศ. ๒๕๔๒รายนามเจ้าอาวาสตั้งแต่รูปแรกจนถึงปัจจุบัน รูปที่ ๑. พระอาจารย์คงหรือ หลวงพ่อช้าง พ.ศ - ถึง พ.ศ -รูปที่ ๒. พระครูศรัทธาสุนทร พ.ศ - ถึง พ.ศ. ๒๔๘๕รูปที่ ๓. พระครูสุวรรณรัตนากร พ.ศ ๒๔๘๖ ถึง พ.ศ ๒๕๑๒รูปที่ ๔. พระมหาเตี่ยน จตฺตภโย พ.ศ ๒๕๑๓ ถึง พ.ศ. ๒๕๑๕รูปที่ ๕. พระอธิการจวน ทนฺตจิตโต พ.ศ ๒๕๑๕ ถึง พ.ศ. ๒๕๒๒รูปที่ ๖. พระอธิการทองอยู่ ธมฺมโชโต พ.ศ ๒๕๒๓ ถึง พ.ศ. ๒๕๒๕รูปที่ ๗. พระปลัดเจริญ จิรปญฺโญ พ.ศ ๒๕๒๕ ถึง พ.ศ. ๒๕๓๑รูปที่ ๘. พระครูสังฆบริบาล อาจิตฺตธมฺโม พ.ศ ๒๕๓๓ ถึง พ.ศ. ๒๕๔๒รูปที่ ๙. พระครูพิทักษ์ศิลปาคม(นุชิต วชิรวุฑฺโฒ) พ.ศ ๒๕๔๒ ถึง ปัจจุบัน

เมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๗ พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงนำกำลังพลเสือป่ามาพักประทับแรมที่วัดขนอน ๑ คืนเมื่อ พ.ศ. ๒๕๓๔ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จทรงนำนักเรียนนายร้อยมาศึกษาด่านขนอนและหนังใหญ่วัดขนอน