วัดเดิม

วัดคลองโพธิ์ ในที่ตั้งปัจจุบันนี้ เป็นวัดที่ย้ายขึ้นมาสร้างใหม่ เพราะตัววัดเดิมนั้นสร้างติดอยู่ที่ฝั่งคลองโพ ด้านตะวันออกติดกับแม่น้ำน่านในปัจจุบัน เดิมนั้นชื่อว่า “วัดป่าข่อย” ไม่มีโบสถ์ เป็นวัดเก่าแก่ที่ไม่มีหลักฐานแน่ชัดว่าสร้างในสมัยใด สืบถามคนเก่าแก่ที่มีอายุมาก ก็พอจะทราบว่าเมื่อเกิดมาก็เห็นวัดอยู่ในสภาพนี้แล้ว ต่อมาวัดได้ถูกภัยธรรมชาติน้ำซัดตลิ่งพังลงมาเรื่อย ๆ นานเข้าก็ถึงกุฏิและศาลาการเปรียญ ท่านเจ้าอาวาสในสมัยนั้นคือท่านอุปัชฌาย์เรือง จึงได้ย้ายวัดป่าข่อยมาสร้างใหม่ทางด้านตะวันตกของวัดเก่า เพียงแต่มีข้ามคลอง (คลองโพ) ห่างจากแม่น้ำน่านประมาณ 2 เส้น ประชาชนมักนิยมเรียกวัดที่ย้ายมาสร้างใหม่นี้ว่า “วัดใหม่”

ความเป็นมาชื่อ "วัดคลองโพธิ์"

ต่อมาประมาณปี พ.ศ. 2462 สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เสด็จตรวจการคณะสงฆ์หนเหนือ ในขณะที่เสด็จตรวจการจังหวัดอุตรดิตถ์ ได้จอดเรือพระประเทียบประทับแรมริมฝั่งแม่น้ำน่านหน้าวัดใหม่ ซึ่งเป็นท่าข้ามไปมาระหว่างฝั่งแม่น้ำ มีตามคำบอกเล่าของคนเก่าคนแก่ว่า ในครั้งนั้นคณะสงฆ์ร่วมกับคณะอุบาสกอุบาสิกา ได้มารอรับเสด็จที่หน้าวัดจำนวนมาก และได้สร้างปะรำพิธีรับเสด็จที่ริมฝั่งแม่น้ำน่านหน้าวัดใหม่นั่นเอง

เมื่อพระองค์ประทานโอวาทแก่คณะสงฆ์และอุบาสกอุบาสิกาที่มารอรับเสด็จแล้วมีรับสั่งกับเจ้าอาวาสวัดใหม่นั้นว่า "วัดนี้ชื่ออะไร มีพระภิกษุสามเณรกี่รูป และมีการศึกษาพระปริยัติหรือไม่" ท่านเจ้าอาวาสได้กราบทูลตามความเป็นจริงทุกประการ และพระองค์ได้ทรงถามคลองที่ผ่านหน้าวัดว่าชื่ออะไร ท่านเจ้าอาวาสจึงกราบทูลชื่อ “คลองโพ” พระองค์จึงรับสั่งว่า ถ้าอย่างนั้นวัดนี้ก็ควรจะชื่อว่า “วัดคลองโพธิ์”

วัดใหม่จึงได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น วัดคลองโพธิ์ จนมาถึงปัจจุบันนี้

พระอารามหลวงชั้นตรี

ต่อมาวัดคลองโพธิ์ได้รับการสถาปนาเป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดสามัญ นับแต่วันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2530 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศเมื่อวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2530