เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชเสด็จขึ้นครองราชสมบัติเป็นปฐมบรมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี มีพระราชประสงค์ที่จะสร้างสิ่งก่อสร้างขึ้นให้คล้ายคลึงกับกรุงศรีอยุธยามากที่สุด วัดที่ตั้งอยู่ใกล้พระบรมมหาราชวังได้ทรงปฏิสังขรณ์ใหม่ ตลอดจนเปลี่ยนชื่อวัดให้เหมาะสม โปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อวัดกลางนาเป็นวัดตองปุ และให้เป็นวัดพระสงฆ์ฝ่ายรามัญ เช่นเดียวกับวัดตองปุที่กรุงศรีอยุธยา เพื่อเทิดเกียรติทหารชาวรามัญในกองทัพสมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท ซึ่งเป็นกำลังสำคัญในการต่อสู้กับพม่าในสงครามเก้าทัพ เมื่อ พ.ศ. 2328 สงครามที่ท่าดินแดงและสามสบ เมื่อ พ.ศ. 2329 และสงครามที่นครลำปางป่าซาง เมื่อ พ.ศ. 2330

สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาทได้ทรงบูรณปฏิสังขรณ์วัดตองปุแล้วถวายเป็นพระอารามหลวงโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามใหม่ว่า วัดชนะสงคราม เพื่อเป็นอนุสรณ์ที่สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท ทรงมีชัยชนะต่อพม่าในการรบทั้ง 3 ครั้ง

วัดชนะสงครามได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์มาโดยตลอด โดยเฉพาะอย่างยิ่งในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งได้ทรงเริ่มดำเนินการก่อสร้างที่บรรจุพระอัฐิเจ้านายฝ่ายกรมพระราชวังบวรสถานมงคลที่เฉลียงพระอุโบสถด้านหลังตามพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงทรงพระราชอุทิศพระราชทรัพย์ให้พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระนเรศรวรฤทธิ์ดำเนินการ แต่การก่อสร้างมาแล้วเสร็จในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวซึ่งพระราชทานพระราชทรัพย์ให้ราชบัณฑิตยสภาก่อสร้าง ขณะนั้น สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพเป็นนายกราชบัณฑิตยสภาและสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ ทรงก่อสร้างจนเสร็จสิ้น ได้มีพิธีอัญเชิญพระอัฐิจากพระราชวังบวรสถานมงคลไปประดิษฐานใน พ.ศ. 2470