พระครูโอภาสพุทธคุณเป็นผู้สร้างพระอุโบสถโดยมอบให้พระไชยวัดเกาะสะท้อนเป็นช่างก่อสร้างและเขียนภาพในพระอุโบสถ พระธรรมวินัย (จุ้ย) และทิดมี ชาวสงขลาช่วยกันเขียนภาพในพระอุโบสถ กุฏิ สร้างพระประธานในพระอุโบสถและกำแพงแก้วล้อมรอบพระอุโบสถในปี พ.ศ. 2426 สมัยต่อมาวัดชลธาราสิงเห ได้รับการบูรณะ ปรับปรุง ซ่อมแซม และก่อสร้างอาคารเพิ่มขึ้นตามลำดับโดยอาคารต่างๆมีลักษณะทางสถาปัตยกรรมภาคใต้ที่ได้รับอิทธิพลจากตะวันตก คือ การประดับลวดลายไม้ฉลุ เรียกว่า ลวดลายขนมปังขิง

พระอุโบสถ

เป็นศิลปะแบบรัตนโกสินทร์ สร้างในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว หลังคาซ้อน 3 ชั้น มีช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ หน้าบัน ประดับลวดลายปูนปั้น เป็นรูปพระอินทร์ทรงช้างเอราวัณ ภายในพระอุโบสถประดิษฐานพระประธานเป็นรูปปางมารวิชัยภายในซุ้มเรือนแก้ว นอกจากนี้ยังปรากฏภาพจิตรกรรมฝาผนังโดยลักษณะจิตรกรรมเป็นสีฝุ่น เขียนโดยพระภิกษุชาวสงขลา ลายเทพชุมนุม ภาพชีวิตความเป็นอยู่ในอดีต ไตรภูมิ และลำดับภาพพุทธประวัติ เริ่มจากมุมด้านทิศใต้มาทางทิศตะวันออก โดยแบ่งฝาผนังในแนวตั้งเป็น 4 ช่องเสา ในแต่ละช่องเสายังแบ่งออกเป็น 3 ช่วง คือ บน,กลางและล่าง

ตอนบนสุดเป็นวิทยาธร ต่อมาเป็นเทพชุมนุม 1 ชั้น นั่งประณมหัตถ์ถือดอกไม้ ถัดลงมาเป็นช่องสี่เหลี่ยมซ้อนกัน 2 ชั้น เขียนภาพพุทธประวัติเริ่มตั้งแต่ตอนลาพระนางยโสธราและราหุล แล้วเรียงลำดับเรื่องจนถึงตอนประทับรอยพระพุทธบาท ด้านหน้าพระประธานมีภาพตอนพระพุทธเจ้าเสด็จลงจากดาวดึงส์ เป็นภาพขนาดใหญ่ ผนังด้านล่างเป็นพื้นที่ว่างมีแต่ภาพมณฑปเหนือเศียรพระ เพดานเขียนลายบนพื้นแดง

และยังเป็นที่ประดิษฐานพระประธานปิดทองทั้งองค์ ทำให้ไม่เห็นลักษณะเดิมที่พระโอษฐ์เป็นสีแดง พระเกศาเป็นสีดำ ประดิษฐานอยู่บนบุษบกทรงสอบสูง 1.5 เมตร จากลักษณะบุษบก สันนิษฐานว่าเป็นพระมอญ ตามผนังประดับด้วยเครื่องถ้วยสังคโลกจากประเทศจีน

พลับพลาที่ประทับในรัชกาลที่ 6

สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2458 พระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๖ ได้เสด็จประพาสวัดชลธาราสิงเห และทรงโปรดเกล้าฯให้สร้างพลับพลาริมแม่น้ำตากใบเป็นที่ประทับ เพื่อสำหรับทอดพระเนตรการแข่งเรือยาวในอดีต ซึ่งปัจจุบันยังคงอยู่ในสภาพที่สมบูรณ์ เป็นพื้นที่ริมแม่น้ำสำหรับนักท่องเที่ยว โดยสามารถชมทัศนียภาพรอบของแม่น้ำตากใบ และยังสามารถมองเห็นเกาะยาวของจังหวัดนราธิวาสได้

หอพระนารายณ์

เป็นอาคารเครื่องก่อ ขนาด 5.45 เมตร ยาว 6.30 เมตร มีมุขขนาดกว้าง 3.40 เมตร ยาว 4.06 เมตร มีหน้าต่างด้านๆละ 1 ช่อง ส่วนทางด้านหน้าทางทิศตะวันออกมีประตู 3 บาน หลังคาทรงมณฑป 4 ชั้นยอดแหลม มุงกระเบื้องดินเผาเกาะยอ ฐานสี่เหลี่ยมก่ออิฐ มุมหลังคาแต่ละชั้นประดับด้วยหัวนาค ส่วนยอดของหลังคาหล่อด้วยปูนซีเมนต์ ตรงหน้าบันมีจารึก “ปฏิสังขรณ์ พ.ศ. 2499” เพดานมุขมี 2 ห้อง ตกแต่งลวดลายเป็นภาพดวงดารา ภายในมณฑปมีรูปพระนารายณ์ 4 กร บนฐานชุกชีมีพระพุทธรูปปางมารวิชัย 3 องค์

เพดานด้านในประธานตกแต่งลายดวงดารา พื้นหลังประดับด้วยภาพผีเสื้อ หงส์ ช่อดอกไม้และดาวดวงเล็กๆกระจายอยู่ทั่วไป พื้นหลังมีสีขาว ตกแต่งลวดลายดอกไม้ร่วง คอสองเป็นลายพุ่มข้าวบิณฑ์ คานตกแต่งลายก้านปู ด้านนอกมีการตกแต่งลายเขียนสีและประดับกระจกกรมศิลปากรได้เข้ามาบูรณะตัวหลังคาและโครงสร้างหอพระนารายณ์ในปี พ.ศ. 2541

กุฏิสิทธิสารประดิษฐ์ หรือ กุฏิพระครสิทธิสารวิหารวัตร (อาคารพิพิธภัณฑ์วัดชลธาราสิงเห)

กุฏิสิทธิสารประดิษฐ์ (อาคารพิพิธภัณฑ์วัดชลธาราสิงเห) สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2498 โดยพระครูสิทธิสารวิหารวัตร เป็นอาคารไม้ยกพื้นสูง หลังคาทรงปั้นหยามุงกระเบื้องดินเผา มีหลังคาซ้อนกันหลายชั้น ตรงยอดหลังคาและปลายมุมหลังคาทำเป็นรูปตัวนาคและหางหงส์ ภายในกุฏิตกแต่งด้วยภาพจิตรกรรม เช่น บริเวณหน้าบันเป็นภาพพระพุทธประวัติตอนปรินิพพาน บานประตูเป็นภาพทวารบาล ฝ้าเพดานตกแต่งด้วยรูปพระอาทิตย์ พระจันทร์และเหล่าเทวดา ปัจจุบันได้รับการขึ้นทะเบียนจากกรมศิลปากรให้เป็นพิพิธภัณฑสถานวัดชลธาราสิงเหเพื่อเก็บโบราณวัตถุชิ้นสำคัญของวัด โดยกุฏิหลังนี้ใช้เป็นอาคารพิพิธภัณฑ์วัดชลธาราสิงเหตั้งแต่ พ.ศ. 2553

กุฏิพระครูวิมลถาปนกิจ

กุฏิพระครูวิมลถาปนกิจ สร้างขึ้นในปีพ.ศ. 2482 เป็นกุฏิไม้ยกพื้นสูง ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของกุฏิสิทธิสารประดิษฐ์ หลังคาทรงปั้นหยามุงกระเบื้องดินเผา มีไม้ฉลุประดับหลังคา ตอนหน้าเป็นมุข หลังคามุขประดับช่อฟ้าและหางหงส์ ภายในกุฏิตกแต่งด้วยจิตรกรรมแสดงฝีมือช่างพื้นถิ่นภาคใต้ เช่น รูปพระจันทร์ทรงราชรถเทียมม้า และพระอาทิตย์ทรงราชรถเทียมราชสีห์ เป็นต้น

หอระฆังจัตุรมุข

หอระฆังจัตุรมุข ตั้งอยู่บริเวณหมู่กฏิสิทธิสารประดิษฐ์ เดิมเป็นหอไตรกลางน้ำ เมื่อชำรุดจึงได้ย้ายมาสร้างบนบกและดัดแปลงกลายเป็นหอระฆัง โดยมีลักษณะเป็นอาคารไม้ สูง 2 ชั้น ยอดมณฑปมุงกระเบื้องดินเผาประดับช่อฟ้าและหางหงส์

หอระฆัง (หอกลอง)

หอระฆัง (หอกลอง) ภายในวัดชลธาราสิงเห มีหอระฆัง 2 หลัง โดยหอระฆังทางด้านตะวันออกของกุฏิเจ้าอาวาสมีลักษณะเป็นหอระฆัง 3 ชั้น หลังทรงมณฑป ฝาผนังหอระฆังชั้นบนเป็นฝาไม้ มีช่องหน้าต่างขนาดเล็ก มีลวดลายประดับคล้ายฝาผนังกุฏิเจ้าอาวาส โดยภายในหอระฆังมีระฆัง 2 ใบ

วิหารพระพุทธไสยาสน์

ตั้งอยู่บริเวณหน้าเจดีย์ เป็นวิหารคลุมพระไสยาสน์มีขนาดกว้าง 5.90 เมตร ยาว 9.90 เมตร สร้างโดยพระครูสิทธิสารวิหารวัตรเมื่อปี พ.ศ. 2484 ภายในวิหารมีพระพุทธไสยาสน์ประดิษฐานอยู่ตอนท้ายของวิหารโถงและติดกับฐานเจดีย์เป็นอาคารเครื่องก่อ มีฝาผนังทั้งสี่ด้าน มีประตูทางเข้าทางทิศตะวันตก (สันนิษฐานว่าอาคารโถงน่าจะเป็นการต่อเติมในสมัยหลัง) องค์พระพุทธไสยาสน์เป็นพระพุทธรูปปูนปั้น ประดับด้วยกระจกสีทองโดยประทับอยู่บนนาค ประดิษฐานอยู่ในคูหาที่ประดับด้วยเครื่องถ้วยยุโรป จีน และ ญี่ปุ่น

ศาลาธรรม

เป็นสถาปัตยกรรมศิลปะภาคใต้และผสมอิทธิพลจากสถาปัตยกรรมจีน มีการตกแต่งด้วยใบระกา หางหงส์และปูนปั้น

เจดีย์

เป็นเจดีย์ก่ออิฐถือปูนทรงระฆังบนฐานสี่เหลี่ยม ขนาด 4.55 เมตร ยาว 5.50 เมตร ทรงฐานสูงมีลานประทักษิณรอบเจดีย์ มีพนักกั้นเป็นขอบลายประทักษิณ สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นสมัยครูจันทร์เป็นเจ้าอาวาส (ดำรงตำแหน่งระหว่างปี พ.ศ. 2456 - 2462) แต่สร้างไม่เสร็จ จากนั้นมาสร้างอีกครั้งในปี พ.ศ. 2484 ลักษณะตัวเจดีย์เป็นทรงระฆังก่อิฐถือปูนบนฐานทรงสี่เหลี่ยมทรงสูงล้อมรอบด้วยลานประทักษิณ ต่อขึ้นไปเป็นบัลลังก์ ก้านฉัตร ไม่มีเสาหาน แล้วเป็นแผ่นปล้องไฉนลดหลันกันไปเป็นรูปทรงกรวยจนถึงปลียอดและลูกแก้ว