วัดชลธาราสิงเหนั้นมีความสำคัญทางประวัติศาสตร์พรมแดนไทย-มาเลเซีย เนื่องจากเป็นสถานที่ที่รัฐบาลสยามใช้เป็นเหตุผลอ้างอิงในการปักปันเขตแดนใน สมัย รัชกาลที่ 5 พ.ศ. 2452ในเวลานั้นเมื่อแหลมมลายูได้ตกเป็นอาณานิคมของจักรวรรดิบริติช จากสนธิสัญญาอังกฤษ–สยาม พ.ศ. 2452 อังกฤษได้พยายามที่จะผนวกจังหวัดนราธิวาสให้เข้าไปเป็นส่วนหนึ่งของสหภาพมาลายาด้วย ซึ่งอังกฤษได้อ้างการปักปันเขตแดนโดยใช้สันเขาและแม่น้ำเป็นแนวตามหลักสากล เข้ามาถึงบ้านปลักเล็กเลยจากวัดชลธาราสิงเห 25 กิโลเมตร ซึ่งเส้นแบ่งเขตรัฐกลันตันกับประเทศไทยจะอยู่ที่ตำบลบ้านสะปอม ในเขตอำเภอเมืองและอำเภอตากใบในปัจจุบัน

แต่ด้วยพระปรีชาสามารถของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัฐบาลสยามจึงถือยกเอาพระพุทธศาสนา วัด และศิลปะในวัดเป็นเครื่องต่อรองการแบ่งปันเขตแดน โดยให้เหตุผลว่าวัดชลธาราสิงเหเป็นวัดไทยที่มีความสำคัญ เป็นมรดกทางพุทธศาสนา ซึ่งเป็นวัดคู่บ้านคู่เมืองของชาวอำเภอตากใบ มีอาคารสถานที่และถาวรวัตถุเป็นแบบไทย ประชาชนนับถือศาสนาพุทธเป็นเวลาช้านาน ประกอบกับท้องที่อำเภอตากใบมีวัด ชาวพุทธอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก จึงควรไม่รวมพื้นที่เหล่านี้ไปในเขตรัฐกลันตันที่ประชาชนส่วนใหญ่เป็นชาวมุสลิม

สุดท้ายอังกฤษยอมจำนนต่อเหตุผลและยอมรับให้เป็นจังหวัดนราธิวาสในประเทศไทยต่อไป ฝ่ายอังกฤษจึงยอมเลื่อนการปักปันเขตแดนถอยลงไปทางใต้จนถึงลำน้ำแม่น้ำโก-ลก ทำให้พื้นที่ทางตอนเหนือแม่น้ำตากใบของจังหวัดนราธิวาสอยู่ในการปกครองของราชอาณาจักรไทยมาจนถึงปัจจุบัน ซึ่งมีผลให้ 4 อำเภอชายแดนไทย คือ อำเภอตากใบ อำเภอแว้ง อำเภอสุไหงปาดี และ อำเภอสุไหงโก-ลก ไม่ต้องผนวกเป็นส่วนหนึ่งของประเทศมาเลเซีย วัดชลธาราสิงเหจึงเป็นที่รู้จักในอีกนามหนึ่งว่า "วัดพิทักษ์แผ่นดินไทย"

นอกจากนั้น วัดชลธาราสิงเห ยังมีทรัพยากรธรรมชาติที่อุดมสมบูรณ์และเป็นพื้นที่อนุบาลสัตว์น้ำจากป่าชายเลนที่ปลูกริมชายฝั่งแม่น้ำของบริเวณวัด และเนื่องด้วยวัดชลธาราสิงเห ติดต่อกับแม่น้ำตากใบทำให้มีสภาพแวดล้อมและธรรมชาติที่มีความอุดมสมบูรณ์ของทรัพยากรชายฝั่ง และเป็นส่วนหนึ่งในการอนุรักษ์วิถีชีวิตดั้งเดิมของภาคใต้ตอนล่างของประเทศไทย วัดชลธาราสิงเหจึงถือเป็นวัดที่มีความสำคัญอันทรงคุณค่าและเป็นศูนย์กลางด้านภูมิทัศน์วัฒนธรรมและสถาปัตยกรรมท้องถิ่น

พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ยก วัดชลธาราสิงเห ขึ้นเป็นพระอารามหลวง ชั้นตรี ชนิดสามัญ เป็นกรณีพิเศษ เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 6 รอบ 5 ธันวาคม 2542 ตั้งแต่วันที่ 22 เดือนมีนาคม พ.ศ. 2543

วัดลธาราสิงเหได้รับคัดเลือกเป็นวัดพัฒนาตัวอย่างดีเด่นเฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษาครบ 6 รอบ ณ วันที่ 5 ธันวาคม พ.ศ. 2542 โดยกรมการศาสนา

กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนวัดชลธาราสิงเหเป็นโบราณสถานของชาติเมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2516 และได้ดำเนินการบรูณะปรับภูมิทัศน์โบราณสถานภายในวัดชลธาราสิงเหอย่างต่อเนื่องมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2527 มาจวบจนปัจจุบัน เพื่อรักษาโบราณสถานแห่งนี้ไว้เป็นมรดกทางศิลปวัฒนธรรมสืบไป