ในอดีตเรียกว่า วัดโคกยายหอม (ปัจจุบันเป็นโบราณสถานร้าง เรียก เนินพระ) เป็นวัดที่สร้างขึ้นมากกว่า 1,000 ปี คาดว่าราวสมัยทวาราวดีหรือก่อนหน้านั้น เป็นที่ตั้งของบ้านเรือนยายหอม เป็นผู้เลี้ยงพญาพาน[2] ซึ่งเกี่ยวพันกับการสร้างองค์พระปฐมเจดีย์ ต่อมามีวัดโคกยายหอมอีกแห่งตั้งอยู่หมู่ที่ 2 ตำบลดอนยายหอม เป็นวัดเก่าแก่จวนร้างเหมือนกัน มีพระสงฆ์ประจำอยู่ 2–3 รูป ไม่ปรากฏหลักฐานสมัยที่สร้าง

ราวปี พ.ศ. 2398 หลวงพ่อทรัพย์ เจ้าอาวาสวัดงิ้วราย อำเภอนครชัยศรี เห็นว่าวัดทรุมโทรมมาก ไม่สามารถบูรณะปฏิสังขรณ์ให้ดีขึ้นไปได้ จึงได้เลือกที่ตั้งวัดใหม่ขึ้นทางเหนือ อยู่ระหว่างวัดร้างเนินพระกับวัดโคกยายหอม เป็นที่นาของนายคงกับนายฉิม ตระกูลอินทนจุ้ย ได้ถวายที่ดินผืนนี้ให้เป็นที่สร้างวัดใหม่ เนื้อที่ 8 ไร่ เมื่อ พ.ศ. 2400 พระวินัยธร ฮวบพรหมสร เป็นเจ้าอาวาสองค์แรก เมื่ออายุ 25 ปี บวชได้ 5 พรรษา ท่านมาจากวัดทอง อำเภอบางกอกน้อย กรุงเทพ[3]