แหล่งข้อมูลบางแหล่งกล่าวว่า นายอินทร์และนางนครเป็นผู้ถวายที่ดินและดำเนินการสร้างวัดนครอินทร์ เดิมวัดนี้มีชื่อว่า วัดบางขุนเทียน เนื่องจากตั้งอยู่ริมคลองบางขุนเทียน ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น วัดใหม่นครอินทร์ (และต่อมาเรียกว่า "วัดนครอินทร์") เพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้บริจาคที่ดินให้สร้างวัด[1] ในขณะที่แหล่งข้อมูลบางแหล่งระบุว่า ผู้สร้างวัดนครอินทร์เป็นชาวมอญชื่อมะโดดหรือมะซอนซึ่งเข้ามารับราชการในช่วงต้นสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช เป็นนายกองรามัญ กรมอาษาทะมาตย์ กล่าวขานกันว่าเป็นทหารคู่พระทัยอีกคนหนึ่งของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ต่อมาในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น นายมะโดดได้รับการแต่งตั้งให้เป็นพระยานครอินทร์ แล้วเลื่อนเป็นเจ้าพระยารามจตุรงค์หรือบางแห่งก็เรียกว่าพระยารามัญวงษ์[2]

อย่างไรก็ตาม จากหลักฐานทางโบราณวัตถุ สันนิษฐานกันว่าวัดนครอินทร์น่าจะสร้างขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย แรกเริ่มเดิมทีคงเป็นเพียงที่พักสงฆ์ที่ตั้งอยู่ทางฝั่งเหนือของคลองบางขุนเทียน มีหลักฐานที่ยังปรากฏอยู่คือกุฏิสงฆ์และศาลาท่าน้ำริมคลองบางขุนเทียนซึ่งผุพังเสื่อมสภาพไปตามกาลเวลา ยังพบพระพุทธรูปศิลาแลงปางนาคปรกและพระพุทธรูปหินแกะสลักตามแบบสุโขทัยและอยุธยา โดยพระพุทธรูปศิลาแลงปางนาคปรกนั้นในปัจจุบันประดิษฐานอยู่ภายในวิหารด้านข้างอุโบสถ วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 26 ตุลาคม พ.ศ. 2360 เขตวิสุงคามสีมากว้าง 27 เมตร ยาว 41 เมตร และได้ผูกพัทธสีมาเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2370