วัดสร้างขึ้นเมื่อประมาณปี พ.ศ. 2103 ไม่ทราบนามประวัติผู้สร้างวัด ชื่อของวัดเรียกตามชื่อตำบลที่ตั้งวัด ในอดีตบริเวณวัดบางขนุนเคยเจริญรุ่งเรืองอย่างมาก หลังจากกรุงศรีอยุธยาแตก มีเจ้านายลี้ภัยการเมืองมาพักที่วัดแห่งนี้และร่วมกันบูรณะวัดในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก[1] วัดบางขนุนได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อปี พ.ศ. 2113[2] พระอุโบสถ หอไตร และสังเค็ดของวัดได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานแห่งชาติเมื่อวันที่ 10 กันยายน พ.ศ. 2540[3]