อาคารเสนาสนะและโบราณวัตถุ ของ วัดบางขนุน

พระอุโบสถเป็นอาคารที่มีฐานแอ่นโค้งทรงเรือสำเภาแบบศิลปกรรมสมัยอยุธยาตอนปลาย คาดว่าน่าจะสร้างเพิ่มส่วนมุขด้านหน้า-หลัง และซุ้มประตูหน้าต่างมาภายหลังเมื่อประมาณสมัยรัชกาลที่ 3 มาซ่อมแซมใหม่อีกครั้งในปี พ.ศ. 2524 ภายในอุโบสถมีภาพจิตรกรรมฝาผนังเล่าเรื่องพระพุทธเจ้าเสด็จลงจากดาวดึงส์ มารผจญ และเทพชุมนุม บานประตูเขียนเป็นภาพเสี้ยวกางทวารบาลทรงสัตว์หิมพานต์ที่มีศีรษะเป็นมนุษย์ สภาพฝาผนังร่วนซุยมาก บูรณะใหม่ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น[4] มีการก่อกำแพงแก้วขึ้นใหม่เปลี่ยนจากเดิมซึ่งเป็นกำแพงบัวหลังเจียด แต่เสาหัวเม็ดทรงมัณฑ์ที่มุมยังมีรูปทรงเดิม เมื่อปี พ.ศ. 2523 ภายในอุโบสถยังมีสังเค็ด ลวดลายประดับกระจกงดงาม หน้าบันแกะเป็นลวดลายดอกไม้ปิดทอง

หอไตรกลางน้ำเป็นสถาปัตยกรรมสมัยอยุธยา ภายในมีจิตรกรรมฝาผนังและบานประตูหน้าต่าง เป็นจิตรกรรมสมัยอยุธยา ภายในมีตู้พระธรรมลายรดน้ำลวดลายพรรณพฤกษา มีอยู่ 6 ใบ ซึ่งมีความงดงามมาก[5]

วัดมีสมุดไทย (สมุดข่อย) ที่เป็นตำราแพทย์โบราณ มีอยู่หลายฉบับ เช่น ตำราเจ็ดคัมภีร์ ภาพทศชาติซึ่งจัดทำขึ้นสมัยรัชกาลที่ 1 ตำราแพทย์โบราณ ตำรากฎหมาย ตำราโหราศาสตร์ทำขึ้นประมาณสมัยรัชกาลที่ 6–7 แต่ในปี พ.ศ. 2561 มีโจรเข้ามาตัดภาพในสมุดข่อยหลายสิบหน้า[6] วัดยังมีธรรมาสน์สมัยอยุธยาตอนปลายแกะสลักลวดลายดอกไม้วิจิตร และมีหินบดยาโบราณ