วัดบำเพ็ญจีนพรตนับเป็นสังฆารามของคณะสงฆ์จีนนิกายที่เก่าแก่แห่งหนึ่งในประเทศไทย เดิมเป็นวิหารพระอวโลกิเตศวรโพธิสัตว์ร้าง ชื่อ “ ย่งฮกอำ ” มีป้ายชื่อลงปีรัชกาลเฉียนหลง ปีอิกเบ้า (ค.ศ. 1795 ) ตรงกับ พ.ศ. 2338 กล่าวกันว่าสร้างโดยชาวจีนในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ก่อนสร้างวัดกุศลสมาคร ฝ่ายอนัมนิกาย (วัดญวน) ได้มีพระอนัมมาอาศัยพักอยู่ชั่วคราว เมื่อสร้างวัดเสร็จจึงย้ายไปอยู่วัดญวน

ต่อมาพระอาจารย์สกเห็งจาริกมาจากประเทศจีน ราวก่อนปี พ.ศ. 2414 และพำนักอยู่ ณ สถานที่นี้ ท่านได้ปฏิสังขรณ์วิหารพระอวโลกิเตศวรโพธิสัตว์ พร้อมกับเปลี่ยนชื่อเป็น “ ย่งฮกยี่ ” มีป้ายชื่อลงปี พ.ศ. 2430 (รัชกาลกวงสู ปีที่ 13 ค.ศ. 1887 ) แล้วกราบบังคมทูลขอพระราชทานนามวัดจากพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5

พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 จึงพระราชทานนามวัดว่า “ วัดบำเพ็ญจีนพรต ” (ปัจจุบันยังมีป้ายพระราชทานนามวัดประดิษฐานอยู่ด้านหน้าอุโบสถ) และโปรดพระราชทานสมณศักดิ์ พระอาจารย์สกเห็งเป็นพระอาจารย์จีนวังสสมาธิวัตร เจ้าคณะใหญ่จีนนิกายรูปแรก