วัดบุปผารามวรวิหาร สร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา ชื่อว่า วัดดอกไม้ ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ต่อมาเป็นวัดร้าง ในสมัยรัชกาลที่ 3 ท่านผู้หญิงจันทร์ ภรรยาเอกของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) ได้ทำการปฏิสังขรณ์วัด เนื่องจากเป็นวัดใกล้บ้านท่าน ต่อมาปี พ.ศ. 2391 สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นไวยวรนาถและเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุนนาค) เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นราชามาตย์ ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ ท่านได้สร้างถาวรวัตถุสำคัญ ๆ ของวัดขึ้น คือพระอุโบสถ พระวิหาร ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ 2 ชั้นและชั้นเดียว รวมทั้งกำแพงวัด ในสมัยรัชกาลที่ 4 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงช่วยในการบูรณะปฏิสังขรณ์ และพระราชทานนามใหม่ว่า วัดบุปผาราม[1]

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2487 วัดบุปผารามถูกระเบิดทำลาย ทำให้พระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ และกำแพงวัด ได้รับความเสียหายยากแก่การซ่อมแซม เจ้าอาวาสในขณะนั้นพระธรรมวราลังการ (กล่อม อนุภาสเถระ) ได้ดำเนินการก่อสร้างพระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎี และกำแพงวัดขึ้นมาใหม่ วัดได้ประกอบพิธีผูกพัทธสีมา เนื่องจากย้ายสถานที่ก่อสร้างจากที่เดิม พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร และสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงได้เสด็จทรงเป็นประธานในพิธีผูกพัทธสีมา เมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม พ.ศ. 2507[2]