วัดปทุมวดีราชวรารามเป็นวัดเก่า สร้างขึ้นในสมัยพระบรมราชา (เจ้าพระยาญาติ) เมื่อ พ.ศ. 1985 ถือเป็นวัดแห่งหนึ่งที่มีความสำคัญที่สุดและเก่าแก่ที่สุดของราชธานีพนมเปญ เดิมวัดนี้มีชื่อว่า "วัดขปวบตายอง" หรือ "วัดตายอง" ต่อมาได้กลายเป็นวัดร้างไปตามกาลเวลา ในปี พ.ศ. 2409 พระบาทสมเด็จพระนโรดม บรมรามเทวาวตาร โปรดเกล้าฯ ให้ย้ายราชธานีจากกรุงอุดงค์มีชัยมาตั้งอยู่ที่จตุมุข (พนมเปญ) และก่อสร้างพระบรมราชวังจตุมุขสิริมงคล เวลานั้นได้มีการสถาปนาคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายขึ้นในประเทศกัมพูชาแล้ว วัดขปวบตายองจึงได้รับการบูรณะให้เป็นพระอารามหลวง จากนั้นจึงโปรดเกล้าฯ ให้อาราธนาสมเด็จพระสุคนธาธิบดี (ปาน ปญฺญาสีโล) และพระสงฆ์ธรรมยุติกนิกายจากวัดศาลาคู (วัดอ็อมปึลเบ็ย) มาประทับที่วัดนี้ วัดขปวบตายองที่ได้รับการบูรณะใหม่ครั้งนี้ได้ปลูกบัวไว้ในคูของวัดถึง 3 มุม จึงพระราชทานชื่อวัดใหม่โดยอาศัยสระบัวเหล่านั้นเป็นนิมิตว่า "วัดปทุมวดีราชวราราม"[2][3]

วัดปทุมวดีราชวรารามเป็นสถานที่จำพรรษาของสมเด็จพระสังฆราชฝ่ายธรรมยุติกนิกายแห่งประเทศกัมพูชาตลอดมา จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2518 ในสมัยรัฐบาลกัมพูชาประชาธิปไตยของเขมรแดง วัดจึงถูกทิ้งร้าง เนื่องจากในยุคนั้นเขมรแดงได้ห้ามการนับถือและประกอบพิธ๊กรรมทางศาสนาต่างๆ ทั้งหมด เมื่อฝ่ายเขมรเฮง สัมริน ขับไล่รัฐบาลเขมรแดงและจัดตั้งรัฐบาลสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชาขึ้นมาแล้ว ศาสนาพุทธในประเทศกัมพูชาจึงได้รับการฟื้นฟูขึ้นมาอีกครั้ง ในเวลานั้นไม่ได้มีการแบ่งแยกเป็นคณะสงฆ์มหานิกายและธรรมยุติกนิกาย แต่จัดการปกครองรวมกันเป็นคณะสงฆ์กัมพูชาคณะเดียว พระสงฆ์คณะมหานิกายจึงได้เข้าไปจำพรรษาอยู่ที่วัดปทุมวดีราชวรารามด้วย เมื่อคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายได้รับการฟื้นฟูขึ้นในกัมพูชาอีกครั้งในปี พ.ศ. 2535 ภายใต้พระบรมราชูปถัมภ์ของพระบาทสมเด็จพระนโรดม สีหนุ พระสงฆ์คณะธรรมยุติกนิกายจึงกลับเข้าไปจำพรรษาที่วัดปทุมวดีราชวรารามตามเดิม โดยต้องแบ่งพื้นที่ของวัดให้แก่พระสงฆ์คณะมหานิกายที่เข้าไปอยู่ในพระอารามในสมัยรัฐบาลสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชาได้จำพรรษาต่อไป

ปัจจุบันวัดปทุมวดีราชวรารามเป็นศูนย์กลางการบริหารกิจการศาสนาพุทธฝ่ายธรรมยุติกนิกายในประเทศกัมพูชา มีสมเด็จพระอภิสิริสุคนธามหาสังฆราชาธิบดี (บัวร์ กรี) สมเด็จพระสังฆราชฝ่ายธรรมยุติกนิกาย ทรงเป็นเจ้าอาวาสวัดปทุมวดีราชวราราม และสมเด็จพระมหาสุเมธาธิบดี (นนท์ แงด) สมเด็จพระสังฆนายกฝ่ายมหานิกาย (ฐานะเทียบเท่าเจ้าคณะใหญ่ของคณะสงฆ์ไทย) เป็นผู้นำคณะสงฆ์มหานิกายภายในวัด

อัฐิของบุคคลสำคัญในกรุงพนมเปญและนักการเมืองกัมพูชาจำนวนมากได้บรรจุไว้ที่นี่ [4] อนึ่ง วัดแห่งนี้ยังเป็นสถานที่ตั้งพระศพเพื่อบำเพ็ญพระราชกุศล และจัดงานพระราชทานเพลิงพระศพสำหรับพระบรมวงศานุวงศ์ในพระราชวงศ์กัมพูชาที่มีศักดิ์ไม่ถึงชั้นงานพระเมรุกลางเมืองอีกด้วย