วัดพระธรรมกายมีผู้ศรัทธาจำนวนหนึ่ง แต่ก็เป็นที่แคลงใจของประชาชนทั้งยังเป็นที่วิพากษ์วิจารณ์ของสื่อมวลชนอย่างต่อเนื่อง แม้สื่อมวลชนจำนวนหนึ่งขอขมาแล้วก็ตาม[60] เป็นต้นว่า

• การแสวงหาประโยชน์เชิงพาณิชย์ กรณีที่วัดพระธรรมกายนำเงินบริจาคไปลงทุนเพื่อแสวงหาประโยชน์เชิงพาณิชย์ โดยอ้างว่าเพื่อให้เงินเกิดดอกออกผลติดตามมานั้น ถูกวิจารณ์อย่างกว้างขวาง เช่น หนังสือพิมพ์ผู้จัดการเรียกวัดพระธรรมกายเป็น "แหล่งพุทธพาณิชย์ขนาดใหญ่ของโลก"[3]
• การยักยอกทรัพย์ กรณีที่วัดพระธรรมกายถูกพระธัมมชโย เจ้าอาวาส ยักยอกทรัพย์ โดยปรากฏว่าโฉนดที่ดินมากมายของวัดมีชื่อพระธัมมชโยเป็นเจ้าของ เรื่องนี้ถูกนำเข้ามหาเถรสมาคมและเกิดเป็นคดีอาญาในเวลาต่อมา การไต่สวนดำเนินมาเจ็ดปี แต่สุดท้ายอัยการสูงสุดได้มีมติให้ถอนฟ้อง เนื่องจากพระธัมมชโยได้คืนที่ดินให้แก่วัดพระธรรมกายแล้ว[61]
• การธุดงค์ในเมือง กรณีที่วัดพระธรรมกายจัดให้พระสงฆ์ออกเดินธุดงค์ในเมือง เรียกว่า "ธุดงค์ธรรมชัย" โดยให้นำเครื่องลาดมาปูรองที่เดิน โปรยบุปผชาติบนเครื่องลาด และจัดให้ประชาชนซึ่งเป็นสาวกมาเฝ้าแห่แหนริมเครื่องลาด ทั้งมีขบวนแห่อย่างวิจิตรอลังการมาตั้งแต่เดือนธันวาคม 2554[62] นั้น ก่อปัญหาการจราจรในเมือง และถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวาง[63][64][65] เป็นต้นว่า
  • พระสุวิทย์ ธีรธมฺโม หรือเป็นที่รู้จักในชื่อ หลวงปู่พุทธะอิสระ วิจารณ์ว่า "การจะทำกิจกรรมอะไรก็ตาม หากทำแล้วเบียดเบียนตน ทำให้คนอื่นเดือดร้อน ก็ถือว่า ผิดหลักพุทธศาสนา...พุทธศาสนิกชนต้องต่อต้าน...ไม่น่าจะเป็นการเผยแพร่ธรรม น่าจะเป็นการทำร้ายพระธรรมมากกว่า รวมทั้งทำให้พระธรรมของพระผู้มีพระภาคเจ้ามัวหมอง การเดินธุดงค์บนดอกกุหลาบดอกดาวเรือง ไม่ไช่วิธีของพระภิกษุที่สันโดษ...นอกจากพระเดินธุดงค์แล้ว นักเรียนและประชาชนยังถูกเกณฑ์ให้ไปตากแดดรับคณะ ไม่ได้ไปเพราะศรัทธา แต่ไปเพราะโดนเกณฑ์ไป ศรัทธาที่เกิดจากการแสดงเป็นศรัทธาที่หลอกลวง ไม่ใช่ศรัทธาที่บริสุทธิ์...เรื่องนี้มหาเถรสมาคมทำอะไรอยู่ สำนักพระพุทธศาสนาแห่งชาติทำอะไรอยู่"[66] ตรึงใจ บูรณสมภพ สมาชิกวุฒิสภา และประธานกรรมาธิการการศาสนา ศิลปะ และวัฒนธรรม ของวุฒิสภา เห็นว่า "ไม่เหมาะสม เนื่องจากการเดินธุดงค์ตามหลักพระพุทธศาสนา คือ พระสงฆ์ต้องจาริกไปตามเขา อยู่อย่างสมถะ เพื่อทำให้จิตใจเป็นอิสระ ไม่ใช่มาเดินในเมืองหลวงท่ามกลางกิเลสที่มีสีสันแห่งบริโภคนิยม"[64]
  • อย่างไรก็ดี วัดพระธรรมกายชี้แจงสั้น ๆ ว่า กิจกรรมดังกล่าวไม่ผิดหลักพุทธศาสนา[64] และได้รับการสนับสนุนจากพงศ์เทพ เทพกาญจนา รองนายกรัฐมนตรี ด้วย[63] ขณะที่นพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ ผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ กล่าวรับรองในทำนองเดียวกันว่า "เป็นการรวมชาวพุทธให้มาร่วมกิจกรรม แม้ว่าจะมีผลกระทบด้านการจราจรบ้าง...เหมือนการจัดทำบุญตักบาตรพระสงฆ์หลายหมื่นรูปที่ถนนเยาวราช ซึ่งเป็นเรื่องดี ไม่อยากให้มองแต่แง่ลบอย่างเดียว อยากให้มองว่าสิ่งใดเป็นประโยชน์มากกว่า"[67]
• การอ้างว่า สตีฟ จอบส์ ตายแล้วเป็นอมนุษย์ กรณีที่วัดพระธรรมกายเผยแพร่สารคดีชุด แวร์อิสสตีฟ จอบส์ (Where is Steve Jobs) ตั้งแต่วันที่ 17 สิงหาคม 2555 ความว่า พระธัมมชโย เจ้าอาวาสวัด ได้ใช้ญาณตรวจสอบพบว่า สตีฟ จอบส์ ตายแล้วไปเกิดเป็นวิทยาธรกึ่งยักษ์อยู่ในพิภพซึ่งทับซ้อนอยู่กับมนุษยโลก เพราะเขายังห่วงหาอาลัยในธุรกิจ[3][68] นั้น ถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าเป็นการอวดอุตริมนุษยธรรม และพระไพศาล วิสาโล เห็นว่า เข้าข่ายปาราชิก[69]
• การจัดการพนัน กรณีที่วัดพระธรรมกายเปิดให้สาธารณชนกด "ถูกใจ" (like) หน้าเฟซบุ๊กของวัด แล้วลงชื่อเสียงเรียงนามพร้อมที่อยู่สำหรับติดต่อกลับ เพื่อชิงรางวัลพระพุทธรูปทองคำมูลค่าสิบล้านบาท เมื่อวันที่ 3 กรกฎาคม 2556 นั้น ถูกนักนิติศาสตร์วิพากษ์วิจารณ์ว่า เป็นการขยายฐานลูกค้าของวัด และเป็นการจัดการพนันโดยแจ้งชัดซึ่งตามกฎหมายแล้วต้องขออนุญาตจากกระทรวงมหาดไทยก่อน อย่างไรก็ดี นพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ ผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ กล่าวว่า ไม่ผิดอะไร เป็นเรื่องมโนสาเร่ไม่ควรใส่ใจ เพราะเป็นเพียงวิธีดึงดูดความสนใจของวัด และเห็นว่า ที่กิจกรรมนี้ถูกมองว่าเป็นการแสวงหาผลประโยชน์บางประการนั้น "ก็เพราะวัดแห่งนี้มีภาพลักษณ์ที่คนนอกมักมองว่าเลวอยู่ก่อนแล้ว"[70]
• กิจกรรมของวัดพระธรรมกายยังเป็นหัวเรื่องหนึ่งที่นิยมศึกษาและวิจัย เช่น งานวิทยานิพนธ์ของพระมหาวุฒิชัย วชิรเมธี ที่ได้รับการเผยแพร่อย่างกว้างขวางบนอินเทอร์เน็ตกลางปี 2556 เมื่อสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานถูกวิพากษ์วิจารณ์ที่บังคับให้ข้าราชการครูเข้าอบรมยังวัดพระธรรมกาย[71] โดยพระมหาวุฒิชัยได้วิจัยเกี่ยวกับงานวิชาการต่างๆ ของพระพรหมคุณาภรณ์ (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) แล้วสรุปว่า วัดพระธรรมกายเป็นอันตรายต่อความมั่นคงของพระพุทธศาสนาและต่อสังคมไทยอย่างลึกซึ้งถึงรากฐาน[71]