วัดพระรูป สันนิษฐานว่าน่าจะสร้างขึ้นมาแล้วตั้งแต่ก่อนสมัยอยุธยาเป็นราชธานี อาจเก่าแก่มาแต่สมัยทวารวดี และคงเป็นวัดร้างมาหลายครั้ง แล้วมีการสร้างใหม่ในที่เดิม ดังปรากฏเจดีย์เก่าแก่ทรงแปดเหลี่ยมยอดระฆังกลม ซึ่งเป็นเจดีย์ที่มีรูปแบบศิลปะแบบสุพรรณภูมิหรืออู่ทอง กำหนดอายุอยู่ในราวพุทธศตวรรษที่ 19 เจดีย์ได้พบซากฐานเดิมขององค์เจดีย์ที่สันนิษฐานว่ามีมาก่อนพุทธศตวรรษที่ 19 ส่วนเจดีย์ที่เห็นในปัจจุบันนั้นน่าจะสร้างขึ้นในราวพุทธศตวรรษที่ 19 บนฐานเจดีย์เดิม แล้วมีการบูรณะซ่อมแซม กรมศิลปากรได้ขุดแต่งและบูรณะเมื่อ พ.ศ. 2534 โดยการฉาบปูนทับและปั้นลายปูนปั้นใหม่เมื่อราวครึ่งแรกของพุทธศตวรรษที่ 20

ในโคลงนิราศสุพรรณของสุนทรภู่ บรรยายไว้ว่า "ฝั่งซ้ายฝ่ายฟากโน้น พิสดาร มีวัดพระรูปบุราณ ท่านสร้าง ที่กัดวัดประตูลาน สงฆ์สู่ อยู่แฮ หย่อมย่านบ้านขุนช้าง ชิดข้างบัลลังค์"[1] จากข้อมูลกรมการศาสนา ระบุว่าวัดพระรูปตั้งเมื่อ พ.ศ. 1800 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อ พ.ศ. 2512