ในพุทธศักราช 2543 หม่อมราชวงศ์ทรงวิทย์ ทวีวงศ์ อุบาสกปฏิบัติธรรมและผู้ช่วยพระอาจารย์แดงดูแลสำนักปฏิบัติธรรมมกุฏคีรีวันได้ดำเนินการขออนุญาตสร้างวัด ณ สำนักปฏิบัติธรรมมกุฏคีรีวันแห่งนี้โดยมีจุดประสงค์ของการตั้งวัดดังนี้

1. เพื่อเป็นที่ประกอบพีธีกรรมและปฏิบัติของพุทธศาสนิกชนโดยทั่วไป
2. เพื่อเป็นสถานที่ปฏิบัติธรรมกัมมัฏฐานของพระนักศึกษาจากสภาการศึกษามหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยสงฆ์หนึ่งในสองแห่งของพระพุทธศาสนา
3. เพื่อเป็นสถานที่อบรมจริยธรรม ศีลธรรมของเยาวชน ข้าราชการ และ ประชาชน ให้รู้เข้าถึง และเข้าใจหลักธรรมทางพระพุทธศาสนา
4. เพื่อเป็นแหล่งศึกษาเกี่ยวกับสิ่งแวดล้อมและอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ
5. เพื่อเป็นสถานที่ศึกษาเกี่ยวกับดาราศาสตร์

ด้วยความเห็นชอบของกระทรวงศึกษาธิการและมหาเถรสมาคม ได้อนุญาตให้สร้างวัด ตามหนังสือการศาสนา ลงวันที่ 12 กรกฎาคม พุทธศักราช 2544และได้อนุญาตประกาศให้ตังเป็นวัดในพระพุทธศาสนานามว่า วัดมกุฏคีรีวัน ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 2 พฤษภาคม พุทธศักราช 2545 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา ขนาดกว้าง 24 เมตรยาว 36 เมตร รวมเป็นพื้นที่ 864 ตารางเมตร เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พุทธศักราช 2545