พระมหาเจดีย์มกุฏคีรีวัน สร้างอยู่บนยอดเขาชื่อว่า “เนินปัญจสิงขร” วัดความกว้างได้ ๔๘ เมตร ยาว ๔๘ เมตร นับเป็นมหามงคล จึงหมายเป็นราชสักการะ และเฉลิมพระเกียรติแด่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี องค์อุปถัมภ์มหาวชิราลงกรณราชวิทยาลัยที่ทรงมีพระชนมายุครบ ๔ รอบ ๔๘ พรรษา เมื่อปี ๒๕๔๖โครงการสร้างพระมหาเจดีย์มกุฏคีรีวัน เป็นความดำริในพระเดชพระคุณท่านเจ้าพระคุณสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ (ประจวบ กนฺตจาโร) เจ้าอาวาสวัดมกุฏกษัตริยาราม กรุงเทพมหานคร อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย กรรมการมหาเถรสมาคม และผู้ก่อตั้งวัดมกุฏคีรีวัน เพื่อเป็นพระบรมธาตุเจดีย์ ภายในประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า พระธาตุพระอสีติมหาสาวก ฐานของพระมหาเจดีย์กว้าง ๒๐เมตร ยาว ๒๐ เมตร สูง ๓๕ เมตร พระอัฐิธาตุครูบาอาจารย์สายพระกัมมัฏฐานภายในประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุ ที่สำคัญ ๆ อาทิเช่น

• พระอัฐิธาตุหลวงปู่เสาร์ กันตสีโล
• พระอัฐิธาตุพระครูวินัยธรมั่น ภูริทฺตโต (หลวงปู่มั่น)
• พระอัฐิธาตุหลวงปู่ชอบ ฐานสโม วัดป่าโคกมน จ.เลย
• พระอัฐิธาตุหลวงปู่เมตตาหลวง หรือ พระญาณสิทธาจารย์ (สิงห์ สุนทโร) วัดเทพพิทักษ์ปุณณาราม ต.กลางดง อ.ปากช่อง จ.นครราชสีมา
• พระอัฐิธาตุหลวงปู่แหวน สุจิณโณ วัดดอยแม่ปั๋ง อ.พร้าว จ.เชียงใหม่
• พระอัฐิธาตุหลวงปู่วัย อตาลโย
• พระอัฐิธาตุหลวงปู่เทสก์ เทสรังสี (พระราชนิโรธคัมภีรปัญญาวิศิษฐ์) วัดหินหมากเป้ง อ.ศรีเชียงใหม่ จ.หนองคาย
• พระบรมอัฐิสมเด็จพระปรเมนทรมหามงกุฏ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระธรรมิกมหาราชาธิราชเจ้า รัชกาลที่ ๔ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์

นอกจากนั้นยังเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธมารวิชัยคีรีวันสิริมงคล (ซึ่งจำลองจากพระพุทธรูปโบราณ อายุประมาณกว่า ๘๐๐ ปี พระพุทธติโลกนาถมงกฏธรรมค่รีวัน (พระพุทธรูปหินหยกขาว) และพระพุทธรูปประจำพระชนมวารสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี