กรมศิลปากรประกาศขึ้นทะเบียนโบราณสถานวัดมหาธาตุ ในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 27 กรกฎาคม 2491 และกำหนดเขตที่ดินในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 30 มิถุนายน 2524 เนื้อที่ประมาณ 2 ไร่ 1 งาน 44 ตารางวา เฉพาะหอไตรได้รับการบูรณะครั้งหลังสุดในปี พ.ศ. 2551 ผู้ใดบุกรุกทำลายโบราณสถานมีความผิดตามกฎหมาย[5]