วัดตั้งวัด เมื่อ พ.ศ. 2315 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา พ.ศ. 2315[2] เดิมเรียกว่า วัดสามจีน ตามตำนานเล่าว่า ชาวจีน 3 คน ร่วมกันสร้างวัด ต่อมาเรียกชื่อวัดว่า วัดบางลำพู ตามชื่อตำบล ในสมัยรัชกาลที่ 1 สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาทโปรดให้บูรณปฏิสังขรณ์วัดบางลำพูพระราชทานแก่นักชี พระอัยยิกาของพระเจ้าราชวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้ากำพุชฉัตร พระธิดา นักชีเป็นพระมารดาของเจ้าจอมมารดานักองค์อี พระธิดาในสมเด็จพระนารายณ์ราชา พระเจ้ากรุงกัมพูชา[3] ต่อมารัชกาลที่ 3 โปรดให้บูรณะวัดใหม่ ได้ย้ายพระอุโบสถไปสร้างในสถานที่ตั้งปัจจุบัน ในสมัยรัชกาลที่ 4 โปรดให้นายสุดปลัดกรมช่างหล่อ บูรณะพระประธานในพระอุโบสถแล้วพระราชทานนามวัดว่า "วัดสังเวชวิศยาราม"

ปี พ.ศ. 2412 วัดสังเวชวิศยารามประสบอัคคีภัย เหลือเพียงพระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ หอระฆังล่าง หอไตรคณะล่าง ศาลาหน้าพระวิหารที่เป็นโรงเรียนปัจจุบัน พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จมาทรงบัญชาการดับเพลิงที่สะพานข้ามคลองบางลำพู (สะพานฮงอุทิศ) และโปรดให้รื้อพระเมรุที่ถวายพระเพลิงพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ไปสร้างเป็นกุฏิและเสนาสนะต่าง ๆ แล้วโปรดให้พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมขุนภูวนัยนฤเบนทราธิบาลดำเนินการบูรณปฏิสังขรณ์อาคารเสนาสนะให้สมบูรณ์[4] ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 6 มีการปฏิสังขรณ์พระอารามใหม่ทั้งหมด มีปรับปรุงและก่อสร้างอาคารและสิ่งปลูกสร้างภายในวัดเพิ่มเติม พร้อมกับมีการสร้างสะพานข้างคลองบางลำพู จากประตูช่องกุดเดิมเชื่อมต่อถนนทางเข้าวัด กล่าวได้ว่า ภายในวัดที่ปรากฎให้เห็นในปัจจุบัน ส่วนใหญ่เป็นงานช่างฝีมือสมัยรัชกาลที่ 6 ลงมา