ปัจจุบันองค์พระธาตุจมอยู่กลางแม่น้ำโขงห่างจากฝั่งไทย 180 เมตร องค์พระธาตุก่อด้วยอิฐถือปูน ล้มตะแคงไปตามกระแสน้ำ ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือ มีฐานเหลี่ยมมุมฉาก โดยด้านหนึ่งโผล่ขึ้นมาเหนือน้ำเพียงครึ่งฐาน องค์พระธาตุมีรูปทรงทางสถาปัตยกรรมเท่าที่ยังเหลืออยู่เป็นชั้นฐานเขียง 2 ชั้น ฐานสี่เหลี่ยมย่อเก็จต่อขึ้นมาอีก 4 ชั้น จึงเป็นเรือนธาตุ ต่อด้วยบัวลูกแก้วอีก 2 ชั้น ความสูงของเจดีย์เฉพาะส่วนที่สัมผัสได้ 12.20 เมตร ความกว้างของฐานองค์พระธาตุชั้นล่างสุด 15.80 เมตร

พระธาตุหล้าหนอง เป็นที่เคารพสักการะของชาวหนองคาย และชาวบ้านได้จัดงานประเพณีเกี่ยวกับพระธาตุในทุกปี คือประเพณีบุญบั้งไฟ เดือน 6 เพื่อจุดถวายองค์พระธาตุ ในวันแรม 1 ค่ำ เดือน 6 พิธีบวงสรวงองค์พระธาตุ วันขึ้น 14 ค่ำ เดือน 11 ถวายปราสาทผึ้ง วันขึ้น 15 ค่ำ เดือน 11 และการแข่งเรือยาววันออกพรรษาทุกปี เพื่อถวายเป็นพุทธบูชา

การที่องค์พระธาตุจมลงไปในแม่น้ำโขง ทำให้ชาวหนองคายต้องการบำรุงรักษาพุทธสถานแห่งนี้ไว้ จึงร่วมกันทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาให้คงอยู่ การสร้างองค์พระธาตุหล้าหนองจำลองขึ้น แล้วบรรจุชิ้นส่วนพระธาตุองค์จริงเข้าไว้ข้างใน และปรับปรุงสภาพแวดล้อมริมฝั่งแม่น้ำโขงขึ้น โดยขนาดพระธาตุองค์จำลอง ฐานกว้าง 10x10 เมตร ความสูงประมาณ 15 เมตร พร้อมทั้งการเสริมสร้างเสถียรภาพตลิ่งและป้องกันการกัดเซาะตลิ่งตลอดความยาว 194 เมตร