คาดว่าสร้างขึ้นในรัชกาลที่ 1 โดยสมเด็จพระอมรินทราบรมราชินี สร้างถวายแด่สมเด็จพระมารดา (สมเด็จพระรูปศิริโสภาคย์มหานาคนารี) หลังวัดแห่งนี้เคยเป็นนิวาสสถานเก่าของหลวงยกกระบัตร (พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช) และ คุณนาค (สมเด็จพระอมรินทราบรมราชินี) และยังเชื่อว่าบริเวณพระปรางค์ของวัดนี้เป็นสถานที่พระราชสมภพของ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ 3 ได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ ทรงสร้างพระวิหาร และพระที่นั่งทรงธรรม ซึ่งแต่เดิมสมเด็จพระรูปศิริโสภาคย์มหานาคนารี ทรงบวชเป็นแม่ชีและฟังธรรมในพระที่นั่งนี้และได้รับพระราชทานนามใหม่ว่า วัดอัมพวันเจติยาราม[1] และได้อัญเชิญพระสรีรังคารของสมเด็จพระบรมชนกนาถมาบรรจุไว้ในพระปรางค์ พระวิหารและกุฏิใหม่ที่สร้างในรัชกาลนี้ ต่อมาสมัยรัชกาลที่ 4 โปรดเกล้าให้ปฏิสังขรณ์พระอุโบสถทั้งหลัง ในสมัยรัชกาลที่ 5 ทรงเสด็จประพาสต้นมาวัดแห่งนี้[2]

กรมศิลปากรประกาศขึ้นทะเบียนวัดอัมพวันเจติยารามเป็นโบราณสถานของชาติในราชกิจจานุเบกษา เมื่อปี พ.ศ. 2500 พระอุโบสถตลอดจนถาวรวัตถุในวัดนี้ ส่วนใหญ่เป็นศิลปะและสถาปัตยกรรมในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น บริเวณวัดมีพระบรมราชานุสาวรีย์พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยประดิษฐาน[3] ในสมัยรัชกาลที่ 9 ได้ทรงให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี (ณ ขณะนั้น) เป็นประธานบูรณปฏิสังขรณ์ โดยมีกรมศิลปากรดำเนินงานสนองพระราชดำริ วาดจิตรกรรมฝาผนังพระราชประวัติรัชกาลที่ 2 และจัดภูมิทัศน์รอบบริเวณพระอาราม[4]