ชาวล้านนาสร้างอุโมงค์โดยการก่ออิฐถือปูน แล้วฉาบปูนปิดทับโครงสร้างอิฐอีกชั้นหนึ่ง แต่ปัจจุบันชั้นปูนฉาบนี้ได้หลุดกะเทาะเกือบหมดสิ้นแล้ว คงเหลือก็เพียงส่วนของเพดานโค้งภายในอุโมงค์ที่ปรากฏจิตรกรรมฝาผนังเท่านั้น ส่วนบริเวณด้านนอกเกือบทั้งหมดนั้นไม่ปรากฏชั้นของปูนฉาบแล้ว เหลือเพียงอิฐก่อผนัง และอิฐก่อโครงสร้างอุโมงค์เท่านั้น

ในปี พ.ศ. 2546 ในระหว่างราวปลายเดือนเมษายน-กันยายน ได้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์อุโมงค์ครั้งใหญ่ที่ดำเนินงานโดยการรับเหมาผ่านเอกชน ภายใต้การกำกับของกรมศิลปากร มีการซ่อมแซมโครงสร้างของอุโมงค์ให้แข็งแรงขึ้น โดยขุดเปิดหน้าดินที่อยู่เหนืออุโมงค์ทั้งหมดจนลึกถึงระดับเดียวกับพื้นอุโมงค์ จึงพบหลักฐานเพิ่มเติม คือโครงสร้างแต่ละอุโมงค์ก่อด้วยอิฐถือปูน แยกไปแต่ละช่อง โดยเริ่มก่ออิฐเรียงสลับกันจากผนังอุโมงค์ขึ้นมาทั้งสองด้านจนได้ความสูงระดับที่เป็นเพดานก่ออิฐให้โค้งเข้าหากัน โดยใช้ด้านสันของอิฐที่มีทรงสี่เหลี่ยมคางหมูหันด้านสันเข้าหากัน จึงเป็นซุ้มโค้งครึ่งวงกลม จำเป็นต้องก่ออิฐผนังหนามากเพื่อรองรับโครงสร้างของอุโมงค์ ส่วนเหนือสุดก็มีการก่ออิฐเหลื่อมเรียงสลับกันปิดอยู่ด้านบนอีกชั้นหนึ่ง และพบว่าพื้นที่ระหว่างอุโมงค์แต่ละช่องนั้นล้วนเป็นดินลูกรังสีน้ำตาลอมส้มจนถึงระดับพื้นดินทั้งสิ้น ไม่ปนเศษอิฐ ปูน หรือเศษเครื่องเคลือบดินเผาเลย และชั้นดินลูกรังนี้ปิดมิดคลุมเพดานทุกอุโมงค์ด้วย และชั้นบนสุดจะมีอิฐปูทับอีกหลายชั้น ดังนั้น ภายในอุโมงค์ล้วนเป็นดินลูกรังและปิดทับด้วยอิฐภายนอกทั้งสิ้น และไม่มีห้องลับใดๆซ่อนอยู่ในระหว่างอุโมงค์ตามที่สงสัยกันแต่แรกแต่อย่างใด และบ่งชี้ได้ว่าเป็นอุโมงค์ที่ไม่ได้เกิดจากธรรมชาติ แต่เกิดจากการก่อสร้างของมนุษย์ขึ้นมาอย่างจงใจ[6]