ราวปี พ.ศ. 1839 พระยามังรายทรงสร้างอาณาจักรล้านนาร่วมกับพระสหาย คือ พ่อขุนรามคำแหงมหาราช กษัตริย์ปกครองสุโขทัย และพระเจ้างำเมือง กษัตริย์ปกครองพะเยา มาสร้างเมืองเวียงเหล็ก (บริเวณวัดเชียงมั่นในปัจจุบัน) และตั้งชื่อเมืองว่า “นพบุรี ศรีนครพิงค์” ท่านมีความใฝ่ในศาสนาพุทธ จึงทรงทำนุบำรุง ส่งเสริมศาสนาให้รุ่งเรืองในล้านนา ในขณะนั้น ทางฝ่ายพระเจ้ารามคำแหงมหาราชได้ส่งคนนิมนต์พระสงฆ์จากลังกามาอาศัยอยู่ใน จังหวัดนครศรีธรรมราช เพื่อที่พระสงฆ์ได้เผยแพร่พระพุทธศาสนาในสุโขทัย เมื่อพระยามังรายทราบข่าวดังกล่าว จึงส่งคนไปนิมนต์พระลังกาจากพระเจ้ารามคำแหง 5 รูป โดยมีพระกัสสปะเถระเป็นหัวหน้าคณะสงฆ์นี้ โดยจำพรรษาที่วัดการโถม ต่อมาพระยามังรายสร้างวัดเวฬุกัฏฐาราม (ปัจจุบัน คือ วัดอุโมงค์) เมื่อสร้างเสร็จจึงอาราธนาพระมหากัสสปะเถระจำพรรษาที่วัดแห่งนี้

ต่อมาเมื่อพระเจ้ามังรายสวรรคต ศาสนาพุทธขาดการทำนุบำรุง เพราะมัวแต่ทำศึกสงครามกันเองในเชื้อพระวงศ์ในการแย่งชิงราชสมบัติ จนถึงสมัยพระเจ้าผายู ศาสนาพุทธได้รับการฟื้นฟูจนถึงสมัยพระเจ้ากือนาธรรมาธิราช (ประมาณ พ.ศ. 1910) ท่านมีความเลื่อมใสในพระมหาเถระจันทร์ พระเจ้ากือนาจึงสั่งให้คนบูรณะวัดเวฬุกัฏฐาราม เพื่ออาราธนาพระมหาเถระจันทร์จำพรรษาทีวัดแห่งนี้ และตั้งชื่อวัดนี้ว่า “วัดอุโมงค์เถรจันทร์” ตามชื่อของพระมหาเถระจันทร์ มีการซ่อมแซมเจดีย์โดยการพอกปูน สร้างอุโมงค์ไว้ทางทิศเหนือจากเจดีย์ ในอุโมงค์มีทางเดิน 4 ช่องซึ่งเชื่อมต่อกันได้

ราชวงศ์มังรายล่มสลาย เมื่อปี พ.ศ. 2106 เปลี่ยนเป็นพม่าปกครองล้านนา ทำให้วัดอุโมงค์ขาดการทำนุบำรุง ปล่อยให้ร้าง ปรักหักพังเรื่อยๆ ต่อมา เจ้าชื่น สิโรรส ได้จัดการแผ้วถางบูรณะวัดนี้ และสร้างกุฏิหลังใหม่เพิ่ม จากนั้นจึงนินต์พระภิกษุปัญญานันทะจากสวนโมกข์ อ.ไชยา จ.สุราษฎร์ธานี มาจำพรรษา และท่านได้เผยแพร่ศาสนาสืบไป[2]