วัดอุโมงค์มหาเถรจันทร์ แต่เดิมชื่อว่า วัดโพธิ์น้อย วัดมหาจันทร์ วัดอุโมงค์อริยมณฑล หรือ วัดมหาพลอยสะหรีน้อยกลางเวียง ไม่ปรากฎในเอกสารโดยตรง แต่จะมีการกล่าวที่เกี่ยวกับวัดอุโมงค์นอกเมือง และพูดถึงวัดอุโมงค์ในเมืองเล็กน้อย การเรียกชื่ออุโมงค์จะเรียกชื่อตามหลักว่า หากเห็นอุโมงค์ในเมือง เรียก อุโมงค์อริยมลฑล อุโมงค์นอกเมือง เรียก อุโมงค์เถรจันทร์ แต่ปัจจุบันเกิดการสับสน จึงเรียกอุโมงค์ในเมืองว่า อุโมงค์เถรจันทร์ และเรียกอุโมงค์นอกเมืองว่า อุโมงค์สวนพุทธธรรม

จากการบอกเล่าว่าวัดทั้งสองนี้มีเจ้าอาวาสองค์เดียวกัน ตือ มหาเถรจันทร์ หรือเถรจันทร์ การที่มี 2 พระอาราม กล่าวว่าท่านสติไม่สู้ปกติ เวลาสติดีก็อยู่ในเมือง หากสติไม่สู้ดีก็จะไปอยู่วัดอุโมงค์นอกเมือง พระมหาเถรมีความรู้ปราดเปรื่องแตกฉานทั้งทางโลกและทางธรรม ในคัมภีร์ใบลานซึ่งถอดความโดย พระมหาหมื่นวัดหอธรรม (ปัจจุบันเป็นบริเวณวัดเจดีย์หลวง) จะกล่าวถึงวัดอุโมงค์นอกเมือง และมีการผูกโยงถึงการมีวัดอุโมงค์ 2 แห่ง และมีเจ้าอาวาสองค์เดียวกัน หากเป็นเช่นตามเรื่องที่เล่า อาจกล่าวได้ว่าวัดอุโมงค์ในเมืองสร้างร่วมสมัยกับวัดอุโมงค์นอกเมือง

อีกแหล่งข้อมูลระบุว่า วัดสร้างราว พ.ศ. 1839–1840 ร้างโดยพระมหากษัตรืย์สามพระองค์เป็นสหายกันคือ พญามังรายมหาราช พญางำเมือง และพ่อขุนรามคำแหงมหาราช[1] เมื่อ พ.ศ. 2461 พบว่าเป็นวัดร้าง อย่างไรก็ดีสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ระบุว่าตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. 1910 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. 1918 กรมศิลปากรได้มีการขึ้นทะเบียนตั้งแต่ พ.ศ. 2522