วัดเจ้ามูลตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. 2207[1] สันนิษฐานว่าชื่อวัดน่าจะมาจากพระราชวงศ์ที่มีพระนามว่า พระองค์เจ้ามูล ได้ทรงรื้อพระตำหนักมาสร้างถวายเป็นกุฏิสงฆ์ทรงเรือนไทยแบบสมัยโบราณ ถวายเป็นสมบัติของสงฆ์และเป็นที่อยู่ของพระภิกษุ ผู้เป็นเจ้าอาวาส และได้ริเริ่มสร้างวัดขึ้นพร้อมกับคณะท่านผู้มีจิตศรัทธาที่ได้ร่วมสร้างขึ้น ได้รับนามว่า วัดเจ้ามูลราชพงศาวราราม แต่ชาวบ้านเรียกว่า "วัดเจ้ามูล" แต่เมื่อพระตำหนักที่รื้อมาสร้างเป็นกุฏิก็ชำรุดสูญหายไป จึงมีแต่สิ่งปลูกสร้างใหม่ขึ้นมาแทนตามลำดับ วัดได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ 2 มีนาคม พ.ศ. 2527 โดยกำหนดเขตกว้าง 8 เมตร ยาว 15 เมตร[2]