วัดเทวราชกุญชรเดิมเชื่อ วัดสมอแครง สร้างขึ้นในสมัยอยุธยา สันนิษฐานว่าชื่อ สมอ มาจากต้นสมอที่ขึ้นกระจายอยู่ภายในวัด ในขณะที่บางกลุ่มมองว่าคำว่า สมอ น่าจะเพี้ยนเสียงมาจากภาษาเขมร ถะมอ ที่แปลว่า หิน สมอแครง จึงแปลว่า หินแกร่ง[4] ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช วัดแห่งนีได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่โดยสมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท และสมเด็จพระสัมพันธวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมหลวงพิทักษมนตรี พระโอรสในสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากรมพระศรีสุดารักษ์ พระเชษฐภคินีในรัชกาลที่ 1 ผู้ทรงเป็นต้นสกุลมนตรีกุล ตามลำดับ ในการบูรณะฯ นั้นได้รับการอุปถัมภ์โดย พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระพิทักษเทเวศร์ ต้นสกุลกุญชร พระราชโอรสในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และได้รับการอุปถัมภ์โดยตระกูลนี้สืบต่อมา

สมัยพระบทสมเด็จพุทธเลิศหล้านภาลัย ปรากฏชัดว่าวัดสมอแครงใช้เป็นสถานที่ฌาปนกิจศพของขุนนางฝ่ายวังหน้า เนื่องจากเป็นวัดที่ตั้งอยู่นอกเขตกำแพงพระนคร และเป็นวัดในเขตความรับผิดชอบของวังหน้า ดังปรากฏหลักฐานในในหมายรับสั่งรัชกาลที่ 2 จุลศักราช 1183 (พุทธศักราช 2364) เลขที่ 2 ระบุว่าทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้พระราชทานเพลิงศพจมื่นจงขวา ขุนนางสังกัดพระอาลักษณ์ฝ่ายวังหน้า ณ วัดสมอแครง เมื่อวันแรม 6 ค่ำ พุทธศักราช 2364 ว่า

"....ด้วยพระยาธารมารับพระราชโองการใส่เกล้า ฯ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ สั่งว่าจะได้ชักศพจมื่นจงขวาบ้านอยู่ ณ คลองบางลำพู บ้านพระอาลักษณ์วังหน้า ไป ณ เมรุวัดสมอแครง ณ วันแรม ๖ ค่ำ เดือน ๖ เพลาเช้า ครั้นเพลาบ่าย จะพระราชทานเพลิงนั้นให้ชาวพระคลังวิเสทรับเลกต่อพระสัสดี ต่อพันพุฒ พันเทพราช ๒๐ คน ถอยเอาเรือขนานลำหนึ่งไปรับศพที่บ้าน...."[5]

ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว มีการบูรณะซ่อมแซม วัดสมอแครงอีกครั้งหนึ่ง ดังปรากฏหลักฐานในราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 3 ของเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ ว่า "กรมหมื่นพิทักษ์เทเวศร์บูรณะวัดสมอแครงวัด ๑..."[6]

การซ่อมแซมวัดสมอแครงครั้งนั้น สันนิษฐานว่าน่าจะตรงกับ พุทธศักราช 2392 เนื่องจากพบหลักฐานสมุดไทยร่างสารตรา หมวดจดหมายเหตุรัชกาลที่ 3 หมู่จุลศักราช 1211 (พุทธศักราช 2329) ระบุว่าเจ้าพระยาจักรีมีสารตราไปถึงพระยาพิษณุโลก พระยาสวรรคโลก พระยาสุโขทัย พระยาพิชัย พระยาพิจิตร พระยาแก้วกำแพงเพชร พระยาตาก พระยานครสวรรค์ พระยาเถิน ให้เกณฑ์ตัดไม้ขอนสักซ่อมแซมวัดมหาธาตุ วัดพรหมสุรินทร์ และวัดสมอแครงสาเหตุที่ต้องบูรณะวัดสมอแครงเนื่องจากพระอุโบสถเดิม มีขนาดไม่เพียงพอต่อการทำสังฆกรรมของพระภิกษุสงฆ์ จึงโปรดเกล้าให้ขยายพระอุโบสถวัดสมอแครงให้กว้างขึ้นกว่าเดิม ดังความในร่างสารตราดังกล่าวว่า

ข้อมูลที่ปรากฏในราชกิจจานุเบกษา ว่าด้วยเรื่อง "แจ้งความกระทรวงธรรมการ แผนกกรมธรรมการ เรื่อง ปฏิสังขรณ์วัดเทวราชกุญชร"[7] ดังมีความว่า

ด้วย สมเต็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรม พระยารชิรญาณวโรรส.

พระมหาสมณะ ประ ทาน รายงาน บฏิถังขรณ์ ของพระครูสมุห์วรคณิศรสิทธิการ ผู้รั้งเจ้าอาวาสวัดเทวราชรุญชร มายัง กระทรวงธรรมการ ว่า

พระครูสมุห์วรคณิศรสิทธิการ ได้เบิกเงินราย ทรงพระราชอุทิศ ๒,๐๐๐ บาท กับเงิน ผลประโยชน์ ขวง วัดเทวราชกุญชรอีก ๔,๗๘๘ บาท ๔ สตางค์

ไป จากกระทรวงธรรมการ แลเริยไรจาก ท่าน ที่ ทรง พระศรัทธา และ ศรัทธาได้ ๓,๕๐๔ บาท รวมทั้งสิ้นเป็นเงิน ๑๐,๙๒๙ บาท

๔ สตางค์ จักการปฏิสังขรณ์พระอุโบสถ กุฏิ ๓ หลัง ก่อถนนในวัต ๑๔ สายแล้วเสร็จ มีราย พระนาม และ นามผู้บริจาคทรัพย์ แจ้ง ต่อไปนี้

คือ พระเจ้าพี่ยาเธอ กรมหสวงราชบุรีติเรกฤทธิ์ ๑,๐๔๔ บาท อำแตงเอม อำแลงเปลี่ยน อำแดงเง็ก รายละ ๔๐๐ บาท อำแดงกลิ่น

๒๐๐ บาท นายปั่น ๑๐๕ บาท พระกันภยุบาทว์ ๙๐ บาท อำแตงบ๊วย ๖๓ บาท หม่อมเจ้าสารภี ๕๔ บาท พระองค์เจ้าน้องนางเธอ พระองค์เจ้า

เหมวตี ๕o บาท ย่ำแดงจ่าง ๔๕ บาท ขุนราชคฤหรักษ์ อำแตงจิ๋น รายละ ๔๓ บาท ยำแดงอี่ยม ๔๑ บาท พระเจ้าน้องนางเธอ พระองค์เจ้าเจริญศรีชนมายุ

พระยาเสถียรสุรประเพณี นายพันโท พระสรชาญพลไกร อำแดงหลิน อำแดงจีบ รายละ ๔๐ บาท ตำแดงกลิ่น อำแดงจีบ รายละ ๓๖ บาท อำแตงเง็ก ๓๕ บาท นายพันตรี หลวงชาติสรสิทธิ์

กับนายร้อยโทเยื้อน รวมกัน ๓๐ บาท พระยาศรีกฤดากร ๒๐ บาท อำแดงคำ อำแดงสุ่น รายละ ๑๖ บาท อำแดงเล็ก ๑๑ บาท พระยาพิบูลย์สงคราม นายเจิม รายละ ๑๐ บาท

จ่านายสิบเปรม หม่อมราชวงษ์นุ่ม อำแตงเจียน ตำแดงปลั่ง ยำแดงเอม รายละ ๘ บาท ยำแดงเฮี๊ยะ ๖ บาท อำแดงถนอม ๕ บาท รายย่อย ๘๔ บาท ผู้บริจาคทรัพย์ มีความยินดีรับพระราชทานถวายพระราชกุศล

กระทรวงธรรมการได้นำความกราบบังคมทูลทราฝ่าละอองธุรีพระบาท

แจ้งความมา ณ วันที่ ๑๐ กันยายน พระพุทธศักราช ๒๔๕๘

มหาอำมาดย์ โท พระยาธรรมศักดิ์มนตรี (ลงนามแทนเสนาบดี)

ต่อมาพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงยกวัดให้เป็นพระอารามหลวง และพระราชทานนามใหม่แก่วัดว่า วัดเทวราชกุญชร ซึ่งแปลว่า ช้าง (กุญชร) ของพระอินทร์ (เทวราช)

เมื่อปี พ.ศ. 2546 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรได้พระราชทานนามของพระประธานว่า พระพุทธเทวราชปฏิมากร และได้โปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จำนวนหนึ่งล้านบาทถ้วนเพื่อบูรณปฏิสังขรณ์พระอุโบสถพร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง โดยทางวัดได้นำพระราชทรัพย์ส่วนนี้มาปฏิสังขรณ์พระอุโบสถจนสำเร็จในปี พ.ศ. 2556[8]