คนรุ่นเก่าได้เล่าสืบต่อกันมาว่า วัดไร่ขิงสร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2394 โดยพระธรรมราชานุวัตร (พุก) ชาวเมืองนครชัยศรี มณฑลนครชัยศรี (ต่อมา ท่านได้รับสถาปนาสมศักดิ์เป็น สมเด็จพระพุฒาจารย์ (พุก)) ในขณะนั้นท่านดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสวัดศาลาปูนวรวิหาร ท่านได้กลับมาสร้างวัดไร่ขิงและวัดดอนหวาย ซึ่งเป็นบ้านโยมบิดาและมารดาของท่าน แต่ยังไม่แล้วเสร็จ สมเด็จพระพุฒาจารย์ (พุก) มรณภาพเมื่อปี วอก พ.ศ. 2427 รวมสิริอายุ 91 ปี พระราชทานเพลิงศพ เมื่อวันที่ 9 เมษายน ตรงกับวันพฤหัสบดี แรม 10 ค่ำ เดือน 5 ปีระกา พ.ศ. 2428 ในการนี้พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จพระราชดำเนินพร้อมด้วยสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ สยามมกุฎราชกุมาร มาพระราชทานเพลิงศพ ณ เมรุพิเศษวัดศาลาปูน ดังนั้น งานทุกอย่างจึงตกเป็นภาระของพระธรรมราชานุวัตร (อาจ จนฺทโชโต) เจ้าอาวาสวัดศาลาปูนรูปที่ 6 ซึ่งเป็นหลานชายของท่าน” [1] แต่ไม่ทราบว่าท่านกลับมาปฏิสังขรณ์วัดเมื่อใดหรือท่านอาจจะมาในปี พ.ศ. 2453 ตอนที่ท่านได้เลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระธรรมราชานุวัตรก็อาจเป็นไปได้ ซึ่งขณะนั้นท่านมีอายุ 75 ปี และเป็นเจ้าอาวาสวัดศาลาปูนรูปที่ 6 ต่อจากสมเด็จพุฒาจารย์ (พุก) อย่างไรก็ตาม ในการปฏิสังขรณ์วัดไร่ขิงในสมัยท่านอยู่ประมาณปี พ.ศ. 2427 หรือ 2453 เป็นต้นมา

สำหรับชื่อวัดนั้น มีเรื่องเล่าว่า พื้นที่วัดในอดีตมีชาวจีนปลูกบ้านอาศัยอยู่กันเป็นจำนวนมากและนิยมปลูกขิงกันอย่างแพร่หลาย จนเป็นที่มาของชื่อหมู่บ้านหรือชุมชนในแถบนี้ว่า “ไร่ขิง” ต่อมา เมื่อมีชุมชนหนาแน่นมากยิ่งขึ้นจึงได้มีการสร้างวัดเพื่อเป็นจุดศูนย์รวมจิตใจของชาวบ้าน ดังนั้น วัดจึงได้ชื่อตามชื่อของหมู่บ้านหรือชุมชนว่า “วัดไร่ขิง”

ในราวปี พ.ศ. 2446 สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส วัดบวรนิเวศวิหาร กรุงเทพฯ เสด็จตรวจเยี่ยมวัดในเขตอำเภอสามพราน สมเด็จฯ ได้เสด็จมาที่วัดไร่ขิง และทรงตั้งชื่อวัดใหม่ว่า “วัดมงคลจินดาราม” ทั้งทรงใส่วงเล็บชื่อเดิมต่อท้ายจึงกลายเป็น “วัดมงคลจินดาราม (ไร่ขิง)” เมื่อเวลาผ่านพ้นมานานและคงเป็นเพราะความกร่อนของภาษาจีนทำให้วงเล็บหายไป คงเหลือเพียงคำว่า “ไร่ขิง” ต่อท้ายคำว่า “มงคลจินดาราม” จึงต้องเขียนว่า “วัดมงคลจินดาราม-ไร่ขิง” แต่ในทางราชการยังคงใช้ชื่อเดิมเพียงว่า “วัดไร่ขิง” สืบมาจนทุกวันนี้