องค์หลวงพ่อวัดไร่ขิงเป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ขนาดหน้าตักกว้าง 4 ศอก 2 นิ้วเศษ สูง 4 ศอก 16 นิ้วเศษ ประดิษฐานอยู่บนฐานอยู่บนฐานชุกชี 5 ชั้น เบื้องหน้าผ้าทิพย์ปูทอดลงมาองค์หลวงพ่อวัดไร่ขิงประดิษฐานเป็นพระประธานอยู่ภายในอุโบสถ หันพระพักตร์ไปทางทิศอุดร (ทิศเหนือ) ซึ่งหน้าวัดมีแม่น้ำนครชัยศรีหรือแม่น้ำท่าจีนไหลผ่าน จากหนังสือประวัติของวัดไร่ขิงได้กล่าวไว้ว่า สมเด็จพระพุฒาจารย์ (พุก) ได้อัญเชิญมาจากวัดศาลาปูน โดยนำล่องมาทางน้ำด้วยการทำแพไม้ไผ่หรือที่เรียกกันว่าแพลูกบวบรองรับองค์พระปฏิมากรณ์ เมื่อถึงหน้าวัดไร่ขิงจึงได้อัญเชิญขึ้นประดิษฐานไว้ภายในอุโบสถ ตรงกับวันขึ้น 15 ค่ำ เดือน 5 ซึ่งเป็นวันสงกรานต์พอดีจึงมีประชาชนจำนวนมากมาชุมนุมกัน ในขณะที่อัญเชิญองค์หลวงพ่อขึ้นจากแพ สู่ปะรำพิธีได้เกิดอัศจรรย์แสงแดดที่แผดจ้ากลับพลันหายไป ความร้อนระอุในวันสงกรานต์ก็บังเกิดมีเมฆดำมืดทะมึน ลมปั่นป่วน ฟ้าคะนอง และบันดาลให้มีฝนโปรยลงมาทำให้เกิดความเย็นฉ่ำและเกิดความปิติ ยินดีกันโดยทั่วหน้า ประชาชนที่มาต่างก็พากันตั้งจิตรอธิษฐานเป็นหนึ่งเดียวกันว่า “หลวงพ่อจะทำให้เกิดความร่มเย็นเป็นสุข ดับความร้อนร้ายคลายความทุกข์ให้หมดไป ดุจสายฝนที่เมทนีดลให้ชุ่มฉ่ำ เจริญงอกงามด้วยธัญญาหารฉะนั้น” ดังนั้น วันดังกล่าวที่ตรงกับวันสงกรานต์หรือวันขึ้นปีใหม่ของคนไทย ทางวัดจึงได้ถือเป็นวันสำคัญ และได้จัดให้มีงานเทศกาลนมัสการปิดทองประจำปีหลวงพ่อวัดไร่ขิง สืบต่อมาจนถึงทุกวันนี้ตำนานหลวงพ่อวัดไร่ขิงนั้นจากคำบอกเล่าสืบต่อกันมาหรือที่เรียกว่า "มุขปาฐะ" มีหลายตำนาน ดังนี้

• ตำนานที่ 1 ครั้งเมื่อสมเด็จพระพุฒาจารย์(พุก)ชาวเมืองนครชัยศรี ได้มาตรวจเยี่ยมวัดในเขตอำเภอสามพราน ได้เข้าไปในพระอุโบสถวัดไร่ขิง หลังจากกราบพระประธานแล้ว มีความเห็นว่าพระประธานมีขนาดเล็กเกินไป จึงบอกให้ท่านเจ้าอาวาสพร้อมชาวบ้านไปอัญเชิญมาจากวัดศาลาปูนฯ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา โดยวางลงบนแบบไม้ไผ่และนำล่องมาตามลำน้ำและอัญเชิญขึ้นประดิษฐานในพระอุโบสถ ตรงกับวันพระขึ้น 15 ค่ำ เดือน 5 วันสงกรานต์พอดี

• ตำนานที่ 2 วัดไร่ขิงสร้างเมื่อปีกุน พุทธศักราช 2394 ตรงกับปีสุดท้ายในรัชกาลที่ 3 ต้นปี ในรัชการที่ 4 สมเด็จพระพุฒาจารย์ (พุก)ซึ่งเป็นชาวเมืองนครชัยศรี ในขณะนั้นดำรงสมณศักดิ์พระราชาคณะที่ "พระธรรมราชานุวัตร" ปกครองอยู่ที่วัดศาลาปูนวรวิหาร จังหวัดพระนครศรีอยุธยาได้กลับมาสร้างวัดที่บ้านเกิดของตนที่ไร่ขิง เมื่อสร้างพระอุโบสถเสร็จแล้วจึงได้อัญเชิญพระพุทธรูป

สำคัญองค์หนึ่งจากกรุงเก่า ( จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ) มาเพื่อประดิษฐานไว้ในพระอุโบสถแต่การสร้างยังไม่แล้วเสร็จสมบูรณ์ ท่านได้มรณภาพเสียก่อน ส่วนงานที่เหลืออยู่พระธรรมราชานุวัตร(อาจ จนฺทโชโต) หลานชายของท่านจึงดำเนินงานต่อจนเรียบร้อย และบูรณะดูแลมาโดยตลอดจนถึงแก่มรณภาพ

• ตำนานที่ 3 ตามตำนานเป็นเรื่องราวที่เล่าสืบต่อกันมาเกี่ยวกับมีพระพุทธรูปลอยน้ำมา 5 องค์ก็มี 3 องค์ก็มีโดยเฉพาะในเรื่องที่เล่าว่ามี 5 องค์นั้น ตรงกับคำว่า " ปัญจภาคี ปาฏิหาริยกสินธุ์โน " ซึ่งได้มีการเล่าเป็นนิทานว่า ในกาลครั้งหนึ่ง มีพี่น้องชาวเมืองเหนือ 5 คน ได้บวชเป็นพระภิกษุในพระพุทธศาสนาจนสำเร็จเป็นพระอริยบุคคล ชั้นโสดาบัน มีฤทธิ์อำนาจทางจิตมากได้พร้อมใจกันตั้งสัตย์อธิษฐานว่า เกิดมาชาตินี้จะขอบำเพ็ญบารมีช่วยให้สัตว์โลกได้พ้นทุกข์ แม้จะตายไปแล้ว ก็จะขอสร้างบารมีช่วยสัตว์โลกให้ได้พ้นทุกข์ต่อไปจนกว่าจะถึงพระนิพานครั้งพระอริยบุคคลทั้ง 5 องค์ ได้ดับขันธ์ไปแล้ว ก็เข้าไปสถิตในพระพุทธรูปทั้ง 5 องค์จะมีความปรารถนาที่จะช่วยคนทางเมืองใต้ที่อยู่ติดแม่น้ำให้ได้พ้นทุกข์ จึงได้พากันลอยน้ำลงมาตามลำน้ำทั้ง 5 สาย เมื่อชาวบ้านตามเมืองที่อยู่ริมแม่น้ำเห็นเข้า จึงได้อัญเชิญและประดิษฐานไว้ตามวัดต่างๆ มีดังนี้
  • พระพุทธรูปองค์ที่ 1 ลอยไปตามแม่น้ำบางปะกง ขึ้นสถิตที่วัดโสธรวรวิหาร เมืองแปดริ้ว จังหวัดฉะเชิงเทรา เรียกกันว่า "หลวงพ่อโสธร"
  • พระพุทธรูปองค์ที่ 2 ลอยไปตามแม่น้ำนครชัยศรี (ท่าจีน)ขึ้นสถิตที่วัดไร่ขิงเมืองนครชัยศรี เรียกกันว่า "หลวงพ่อวัดไร่ขิง"
  • พระพุทธรูปองค์ที่ 3 ลอยไปตามแม่น้ำเจ้าพระยาขึ้นสถิตที่วัดบางพลี เรียกกันว่า "หลวงพ่อวัดบางพลี" แต่บางตำนานก็ว่า หลวงพ่อวัดบางพลีเป็นองค์แรกในจำนวน 5 องค์ จึงเรียกว่า "หลวงพ่อโตวัดบางพลี "
  • พระพุทธรูปองค์ที่ 4 ลอยไปตามแม่น้ำแม่กลอง ขึ้นสถิตที่วัดบ้านแหลม เมืองแม่กลอง เรียกว่า "หลวงพ่อวัดบ้านแหลม"
  • พระพุทธรูปองค์ที่ 5 ลอยไปตามแม่น้ำเพชรบุรี ขึ้นสถิตที่วัดเขาตะเคราเมืองเพชรบุรี เรียกว่า "หลวงพ่อวัดเขาตะเครา"

ส่วนตำนานของเมืองนครปฐมนั้นเล่าว่า มีพระ 3 องค์ ลอยน้ำมาพร้อมกัน และแสดงปาฏิหาริย์จะเข้าไปยังบ้านศรีมหาโพธิ์ ซึ่งมีต้นโพธิ์ใหญ่อยู่ จึงได้เรียกตำบลนั้นว่า "บางพระ" พระพุทธรูป 3 องค์ลอยไปจนถึงปากน้ำท่าจีนแล้วกลับลอยทวนน้ำขึ้นมาใหม่ จึงเรียกตำบลนั้นว่า "สามประทวน" หรือ "สัมปทวน" แต่เนื่องจากตำบลที่ชาวบ้านพากันไปชักพระขึ้นฝั่งเพื่อขึ้นประดิษฐาน ณ หมู่บ้านของตน แต่ทำไม่สำเร็จ ต้องเปียกฝนและตากแดดตากลมจึงได้ชื่อว่า "บ้านลานตากฟ้า" และ "บ้านตากแดด" ในที่สุดพระพุทธรูปองค์แรกจึงยอมสถิต ณ วัดไร่ขิงเรียกกันว่า "หลวงพ่อวัดไร่ขิง" ส่วนองค์ที่ 2 ลอยน้ำไปแล้วสถิตขึ้นที่วัดบ้านแหลมจังหวัดสมุทรสงคราม เรียกว่า "หลวงพ่อวัดบ้านแหลม" และองค์ที่ 3 ลอยตามน้ำไปตามจังหวัดเพชรบุรี แล้วขึ้นสถิตที่วัดเขาตะเครา เรียกว่า "หลวงพ่อวัดเขาตะเครา"