ตัวละครหลักของ Whisper of the Heart คือเด็กสาวที่ชื่อ ชิซึคุ สึกิชิมะ ผู้ซึ่งเป็นนักเรียนในระดับจูเนียร์ไฮสคูลในเมืองเล็กๆ ใกล้ๆ กับเมืองทามะ ของกรุงโตเกียว เธอมีนิสัยรักการอ่านและการเขียนหนังสือในยามว่าง แต่พ่อแม่ของเธอหวังจะให้เธอใช้เวลากับการบ้านเสียมากกว่า อีกทั้งช่วงเวลาของการสอบเข้าเรียนไฮสคูลก็ใกล้เข้ามาแล้วด้วยเรื่องราวเกิดขึ้นในเมืองเล็ก ๆ แห่งหนึ่งภายใต้บรรยากาศทันสมัยของประเทศญี่ปุ่น ในขณะที่เด็กวัยรุ่นคนอื่น ๆ กำลังตั้งหน้าตั้งตาเตรียมตัวสอบเข้าเรียนต่อในชั้นมัธยมปลาย แต่ชิซึคุ เด็กสาวผู้รักการอ่านเป็นชีวิตจิตใจ กลับเลือกที่จะใช้เวลาส่วนใหญ่ไปกับการอ่านหนังสือนวนิยายที่หยิบยืมมาจากหอสมุด และตัวเลขยี่สิบเล่มก็คือเป้าหมายที่สาวน้อยวัยสิบสี่ปีวางไว้สำหรับปิดเทอมครั้งนี้ของเธอ

เมื่อคุณพ่อบอกกับชิซึคุว่าหอสมุดกำลังเปลี่ยนระบบการยืมหนังสือจากที่เคยใช้บัตรเป็นระบบบาร์โค้ด เธอก็นึกอยากหยิบเอาการ์ดกระดาษแข็งที่บันทึกรายชื่อผู้ยืมหนังสือออกมาดู น่าแปลกที่หนังสือทุกเล่มที่เธอเคยอ่านจะมีชื่อของ "เซย์จิ อามาซาว่า" ยืมไปก่อนหน้าเธอทุกครั้ง

สิ่งที่เกิดขึ้นสร้างความประหลาดใจให้ชิซึคุอย่างมาก และทำให้เธออดไม่ได้ที่จะเฝ้ามองหาชายในจินตนาการของเธอ ขยันอ่านหนังสือ สอบเข้ามัธยมปลาย และเรียนในมหาวิทยาลัยดี ๆ คือเสียงจากสังคมที่กระซิบบอกเยาวชนที่กำลังเติบโต แม้ชิซึคุจะชอบหนังสือนิยายเพียงใด หรือมีพรสวรรค์ในด้านวรรณคดีแค่ไหน ตัวเธอเองก็ไม่สามารถมองข้ามบรรทัดฐานเหล่านั้นและเลือกเดินไปบนเส้นทางที่ตนเองรักได้อย่างสบายใจ

บางที ชีวิตวัยรุ่นอาจจะหนักและน่าปวดหัวเกินกว่าที่เด็กสาวที่ชอบ "ล่องลอยไปในโลกแห่งความฝัน" อย่างเธอก็เป็นได้

แต่แล้วในเช้าวันหนึ่ง "ที่ดูเหมือนจะเป็นวันธรรมดาสำหรับหลาย ๆ คน" ช่วงเวลาแห่งการค้นหาตนเองของชิซึคุก็ได้เริ่มต้นขึ้น

ระหว่างกำลังนั่งอยู่บนรถไฟเพื่อเดินทางไปส่งปิ่นโตให้คุณพ่อที่หอสมุด ชิซึคุก็พบเข้ากับแมวเร่ร่อนตัวอ้วน ท่าทางเมินเฉยไม่แยแสต่อสิ่งรอบข้างของมันทั้งยียวนกวนประสาทแต่ก็ชวนให้น่าสนใจ เธอตัดสินใจติดตามแมวจอมเจ้าเล่ห์ไปเรื่อย ๆ เพื่อค้นหาเป้าหมายของมันซึ่งก็คือร้านขายของเก่า "Earth Shop" ที่ดำเนินกิจการโดยคุณตาท่าทางใจดี และมีรูปสลักแมว "Baron Humbert Von Jikkingen" อันแสนงดงาม

ราวกับโชคชะตาชักพา, หลังจากนั้นไม่นานเธอก็ได้รู้ว่าเซย์จิคุงคนที่เธอตามหาก็คือหลานชายแท้ ๆ ของคุณตาเจ้าของร้านขายของเก่าแห่งนี้นี่เอง

ที่นี่, ชิซึคุได้เห็นแง่มุมลึก ๆ รวมทั้งตัวตนจริง ๆ ที่ไม่เคยเห็นของเซย์จิ สิ่งเหล่านี้มันก็ทำให้หัวใจของเธอพองโตความฝันของเด็กชายที่แน่วแน่ต่อการเป็นช่างทำไวโอลินจุดประกายให้ชิซึคุฮึดสู้ กลับไปฟังเสียงกระซิบจากหัวใจ และลงมือเขียนนวนิยายซึ่งเป็นสิ่งที่เธอรักมาตั้งแต่ต้นและรักมากที่สุดเพื่อเป็นการพิสูจน์ตัวเองตามความคิดของเธอ

ประสบการณ์ครั้งนี้ทำให้สาวน้อยได้รู้จักตนเอง และสามารถก้าวพ้นวันเวลาแห่งความสับสนไปได้อย่างมั่นคง