• สงครามการแก้ไข เนื่องจากการต้องการสะกดชื่อไม่เหมือนกัน
• มีบทความซ้ำกันเกิดขึ้น ในการสะกดชื่อที่ต่างกัน

ในปัจจุบัน บทความในวิกิพีเดียไทยส่วนใหญ่ใช้หลักการทับศัพท์เทียบตามระบบทับศัพท์ของราชบัณฑิตยสถาน ซึ่งมีปัญหาจากที่ผ่านมาหลายอย่างที่มีการแจ้งจากผู้เขียนและผู้ใช้งาน อาทิ เช่น

• ไม่แสดงถึงเสียงของภาษาที่แท้จริงเช่น เสียง [k] สะกดลงท้ายด้วย ก แทนที่ ค ในภาษาอังกฤษ
• ไม่ได้รับความนิยมที่ปรากฏในสื่ออื่น ตัวอย่างเช่น ชื่อนักฟุตบอล นักร้อง
• ไม่มีการใช้งาน เช่น ชื่อเมือง ชื่อบุคคล ในภาษาญี่ปุ่น