เป็นวิทยาลัยศาสนศึกษาแห่งแรกของประเทศไทย และเป็นหน่วยงานในมหาวิทยาลัยมหิดล จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 มกราคม 2542 ในสมัยที่ศาสตราจารย์ นพ. อรรถสิทธิ์ เวชชาชีวะ เป็นอธิการบดีและวิวัฒนาการมาจากโครงการศูนย์ศาสนศึกษาที่มหาวิทยาลัยมหิดล และแพทย์หญิง คุณอรวรรณ คุณวิศาล ประธานมูลนิธิน้ำทอง คุณวิศาล ร่วมกันจัดตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2540 ในสังกัดสำนักงานอธิการบดี

สถานที่ทำงานของวิทยาลัยอยู่ที่อาคารน้ำทอง คุณวิศาล ตรงข้ามกับ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดลในมหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา เป็นอาคาร ๕ ชั้น มีลักษณะโปร่งและโล่ง แต่ละชั้นของอาคารมีสถานที่สำหรับสนทนาพาทีเป็นระยะๆ ใกล้ลานดอกไม้ประดับ ตรงกลางบริเวณของตัวตึกเป็นสวนหย่อม พร้อมทั้งม้านั่งใต้ต้นไม้เขียวชอุ่มสำหรับพักกายและใจ บริเวณรอบอาคารมีไม้ยืนต้น สร้างความร่มรื่นและสงบให้แก่สถานที่นี้

ตั้งแต่ปีที่จัดตั้งเป็นต้นมา วิทยาลัยศาสนศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดล ได้รับการสนับสนุนด้านการเงินจากองค์กรเอกชนและด้านการเรียนการสอน จากคณาจารย์ภาควิชาต่างๆในมหาวิทยาลัยมหิดล และจากมหาวิทยาลัยต่างๆ ทั้งในและต่างประเทศ ในปัจจุบันวิทยาลัยศาสนศึกษาเป็นสถาบันการศึกษาชั้นนำในประเทศและภูมิภาคเอเชียอาคเนย์มีเครือข่ายการศึกษาวิชาศาสนศึกษา และจริยศาสตร์กับสถาบันการศึกษาต่างๆ ที่มีลักษณะและเป้าหมายคล้ายคลึงกันทั้งในประเทศและต่างประเทศ พร้อมทั้งร่วมมือกับสถาบันการศึกษาเหล่านี้ ทั้งในด้านการผลิตบัณฑิตที่ได้มาตรฐานและผลิตงานวิจัยที่สร้างความเจริญก้าวหน้าให้แก่วิชาการ และเป็นประโยชน์แก่สังคม