ช่วงสิ้นสุดของสมัยช่วงระหว่างกลางที่หนึ่งในช่วงต้นราชวงศ์ที่สิบเอ็ดแห่งอียิปต์ ฟาโรห์อินเตฟที่ 3 จากนครทีบส์ได้ทรงโปรดให้บูรณะปฏิสังขรปรับปรุงวิหารใหม่ทั้งหมด โดยวิหารตรงกลางยังถูกตั้งไว้ที่เดิมระหว่างก้อนหินธรรมชาติทั้งสามก้อน ห้องโถงที่ตั้งอยู่หน้าวิหารยังถูกปูด้วยแผ่นหินปูนเป็นครั้งแรก[4]

ไม่นานหลังจากนั้น ฟาโรห์เมนทูโฮเทปที่ 2 ได้ทรงโปรดให้ทำการดัดแปลงเพิ่มเติมภายในวิหาร และสร้างวิหารใหม่ทั้งหมด[5] พระองค์ได้เพิ่มจารึกใหม่และทางด้านทิศเหนือมีลานเสาและส่วนทะเลสาบนอกชายฝั่งได้เพิ่มเข้ามาเพื่อสำหรับการเฉลิมฉลองฤดูน้ำท่วมแห่งแม่น้ำไนล์ ซึ่งชาวอียิปต์โบราณเชื่อว่าสิ่งนี้ได้เริ่มต้นในที่เกาะแอลเลเฟนไทน์ ตัววิหารยังคงสร้างด้วยอิฐโคลนเป็นส่วนใหญ่ โดยมีเพียงผนังที่สำคัญที่สุดที่เรียงรายไปด้วยหินปูนที่ประดับประดา

และระยะเวลาไม่ถึง 100 ปีถัดจากนั้น ในช่วงต้นของราชวงศ์ต่อมา ฟาโรห์เซนุสเรตที่ 1 ได้ทรงโปรดให้สร้างวิหารและลานใหม่ทั้งหมดแทนที่โครงสร้างที่ได้รับการบูรณะของฟาโรห์เมนทูโฮเทป[7] ถึงแม้ว่าสิ่งปลูกสร้างก่อนหน้านี้ทั้งหมดจะยังรูปแบบวิหารเดิมและโดยเฉพาะการใช้อิฐโคลน แต่วิหารใหม่สร้างด้วยหินปูนทั้งหมด มาถึงช่วงเวลานั้น ระดับที่ตั้งของวิหารได้อยู่เหนือโพรงหินของสมัยราชอาณาจักรเก่า อย่างไรก็ตาม วิหารหลักใหท่นี้ได้สร้างทับที่โครงสร้างเก่าโดยตรง วิหารแห่งนี้ที่สร้างโดยฟาโรห์เซนุสเรตที่ 1 ได้รับการตกแต่งอย่างเต็มที่ แต่มีเศษของการตกแต่งเพียงไม่กี่ชิ้นเท่านั้นที่หลงเหลือ สิ่งเหล่านี้รวมถึงซากของจารึกขนาดยาวแห่งกษัตริย์ พร้อมกันนั้นเทพคนุมซึ่งเดิมใช้พื้นที่วิหารร่วมกัการบูชาเทพีซาเทต ก็ได้แยกออกมามีวิหารสำหรัการบูชาเทพคนุมโดยเฉพาะ โดยเดิมแล้ว วิหารแห่งเทพีซาเทตจะประดับประดาด้วยรูปแกะสลักมากมาย ซึ่งเป็นรูปแกะสลักของฟาโรห์อเมนเอมฮัตที่ 5 จากราชวงศ์ที่สิบสามซึ่งอุทิศให้กับเทพี:

แด่เทพเจ้าผู้ประเสริฐ เจ้าแห่งสองแผ่นดิน เจ้าแห่งพิธีกรรม กษัตริย์แห่งอียิปต์บนและล่าง เซเคมคาเร พระโอรสแห่งเทพรา อเมนเอมฮัต ผู้เป็นที่รักแห่งเทพซาเทต สตรีแห่งแอลเลเฟนไทน์ ขอให้อเมนเอมฮัตมีพระชนม์ชีพชั่วนิจนิรันดร์

รูปแกะสลักอีกรูปหนึ่งที่ครั้งหนึ่งเคยประดับประดาวิหารโดยเป็นของฟาโรห์เซนุสเรตที่ 3 นอกจากนี้ยังมีเครื่องบูชาของฟาโรห์โซเบคเอมซาฟที่ 1 ที่ได้ทรงบูชาเทพี ซึ่งครั้งหนึ่งเคยอยู่ในวิหารแห่งนี้อย่างแน่นอน และแท้จริงแล้ว ถึงแม้ว่ารูปแกะสลักเหล่านี้ทั้งหมดจะถูกค้นพบในวิหารใกล้ ๆ ของเฮกาอิบ ตามคำจารึกของพวกเขา แต่เดิมต้องอยู่ในวิหารแห่งซาเทต[8]