จากเดิม การสร้างศาลเจ้าชินโตนั้นมักสร้างแบบชั่วคราว ไม่ได้มีลักษณะเป็นถาวรวัตถุ จนกระทั่งการเข้ามาของพระพุทธศาสนา สร้างแนวติดของการสร้างถาวรวัตถุขึ้น[5] ซึ่งชาวญี่ปุ่นนิยมสร้างวัดพุทธไว้ประกอบร่วมกับศาลเจ้าชินโตเดิม ลักษณะแบบนี่นี้เรียกว่า จิงกู-จิ (ญี่ปุ่น: jingū-ji โรมาจิ: 神宮寺) ซึ่งแปลตรงตัวว่าวัดศาลเจ้า ซึ่งส่วนมากได้ถูกทำลายในภายหลังด้วยข้อกฎหมายใหม่ที่บัญญัติให้แยกวัดและศาลเจ้าออกจากกัน อย่างไรก็ตาม คติการสร้างศาลเจ้าชินโตใกล้กับวัดพุทธยังคงปรากฏให้เห็นทั่วไป เช่น วัดอาซากูซะในโตเกียว ประกอบด้วย วัดเซ็นโซซึ่งเป็นวัดในพระพุทธศาสนา นิกายมหายาน กับ ศาลเจ้าอาซากูซะ ซึ่งเป็นศาลเจ้าชินโตที่บูชาดวงวิญญาณของผู้สร้างวัดเซ็นโซ เป็นต้น[6] ซึ่งรูปแบบของศาลเจ้าอาซากูซะที่กล่าวไปข้างต้นจะเรียกว่า ชินจู-โด ซึ่งเป็นชินจูชะประเภทหนึ่ง

โดยทั่วไปศาลเจ้าชินโตจะมีการสร้างใหม่บนศาลเจ้าเดิมเป็นรอบ ๆ เช่น ศาลเจ้าอิเซะจะสร้างใหม่ทุก 20 ปี แต่ที่สำคัญเป็นแนวทางปฏิบัติของทุกศาลเจ้ามาตลอดตั้งแต่อดีต คือจะไม่มีการเปลี่ยนทรงศาลเจ้าเด็ดขาด และจะสร้างด้วยสถาปัตยกรรมดั้งเดิมเหมือนศาลเจ้าหลังเดิมเท่านั้น[5]