ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ (ญี่ปุ่น: 東京招魂社 โรมาจิ: Tōkyō Shōkonsha) ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็นยาซูกูนิในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง ประเทศที่สงบสุข

ตัวศาลในปัจจุบันสร้างขึ้นด้วยโครงสร้างเหล็กน้ำหนักรวมกว่า 100 ตัน หรือประมาณ 100,000 กิโลกรัม นับเป็นศาลเจ้าตามลัทธิชินโตที่ใหญ่ที่สุดของกรุงโตเกียว