คนส่วนใหญ่เชื่อว่าชาวมุสลิมส่วนใหญ่ของประเทศอาศัยอยู่ในสามจังหวัดใต้สุดของประเทศไทย ได้แก่ จังหวัดยะลา ปัตตานี และนราธิวาส อย่างไรก็ตาม การศึกษาของกระทรวงการต่างประเทศ ชี้ว่า ชาวไทยมุสลิมเพียงร้อยละ 18 เท่านั้นที่อยู่ในพื้นที่สามจังหวัดนี้ ส่วนที่เหลืออาศัยอยู่กระจายไปทั่วประเทศ โดยส่วนใหญ่อาศัยอยู่ในกรุงเทพมหานครและตลอดพื้นที่ภาคใต้ของประเทศ ตามข้อมูลของสำนักงานสถิติแห่งชาติ เมื่อ พ.ศ. 2548 มุสลิมในภาคใต้คิดเป็นประชากรร้อยละ 30.4 ของประชากรอายุมากกว่า 15 ปี แต่ในส่วนอื่นของประเทศกลับมีเพียงน้อยกว่าร้อยละ 3[1]