ศาสนาในประเทศญี่ปุ่น ถูกครอบงำโดยลัทธิชินโตป็นหลักซึ่งเป็นลัทธิเก่าแก่ของชนชาติญี่ปุ่น ถึงแม้ว่าศาสนาพุทธจะเป็นศาสนาที่มีผู้นับถือมากที่สุดในญี่ปุ่นแต่พุทธสถานเกือบทั้งหมดในญี่ปุ่นก็ได้รับอิทธิพลจากลัทธิชินโตอยู่ไม่น้อย จากการสำรวจในปี พ.ศ. 2549 และ 2551 พบว่า ชาวญี่ปุ่นน้อยกว่าร้อยละ 40 ระบุว่าตนเองนับถือศาสนา โดยนับถือศาสนาพุทธ 34%, นับถือสำนักลัทธิชินโตราว 3.0-3.9% และราว 1.0-2.9% นับถือศาสนาคริสต์ แม้ว่าคนญี่ปุ่นมากกว่าครึ่งจะระบุว่าตนเองนั้นเป็น "ผู้ที่ไม่มีศาสนา" แต่ในทางปฏิบัติก็พบว่าในส่วนมากของกลุ่มคนเหล่านี้มีพฤติกรรมแบบ "นับถือแบบไม่เจาะจง" (เสมือน พหุเทวนิยม) คือไม่ได้เจาะจงว่าตนเองนั้นศรัทธาต่อพระเจ้าหรือสิ่งศักดิ์สิทธิ์องค์ใด ฉะนั้น เราจะพบว่ากลุ่มคนกลุ่มนี้ยังมีการขอพรจากเทพ กราบพระ เข้าศาลเจ้าชินโต เข้าวัดพุทธ เมื่อมีโอกาสหรือในเทศกาลสำคัญๆ แม้ว่าจะระบุว่าตนเองเป็นผู้ไม่มีศาสนา