ศอ.บต. ก่อตั้งขึ้นตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 8/2524 ลงวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2524 ต่อมาได้มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 56/2539 ลงวันที่ 23 เมษายน พ.ศ. 2539 กำหนดบทบาทให้ ศอ.บต. ทำหน้าที่คล้ายกับเป็นรัฐบาลส่วนหน้า มาตั้งหน่วยอำนวยการอยู่ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยจำลองหน่วยงานอำนวยการด้านแผนงาน แผนเงิน และแผนคน ของรัฐบาลกลางมาอยู่ด้วยกัน สามารถสรุปภารกิจของ ศอ.บต. ได้ 3 ประการ คือ

1. ระดมส่วนราชการและหน่วยงาน รัฐวิสาหกิจมาดำเนินการพัฒนา และแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ให้สนองตอบนโยบายความมั่นคงแห่งชาติเกี่ยวกับจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยอาศัยระบบการประสานแผนเป็นเครื่องมือหลัก เพื่อแปรนโยบายสู่การปฏิบัติ รวมทั้งใช้ระบบการประสานงาน รวมทั้งดำเนินมาตรการ ต่าง ๆ เป็นเครื่องมือกำกับการดำเนินงานให้เป็นไปตามนโยบาย ฯ
2. ให้ความสำคัญกับข้าราชการและบุคลากรของรัฐ ซึ่งเป็นกลไกของรัฐในการดำเนินนโยบาย ศอ.บต. มีหน้าที่สรรหาข้าราชการที่ดีมาปฏิบัติงาน การพัฒนาข้าราชการให้มีความรู้ความเข้าใจ ในวิถีชีวิตของประชาชนและวิธีปฏิบัติงานที่เหมาะสม รวมทั้ง โยกย้ายข้าราชการที่ไม่ดีออกจากพื้นที่ ขณะเดียวกัน ข้าราชการที่ดีก็มีระบบบำเหน็จความชอบ เป็นขวัญกำลังใจ
3. ดำเนินภารกิจอื่นที่ได้รับมอบหมายจากคณะรัฐมนตรี นายกรัฐมนตรี โดยเฉพาะงานที่เกี่ยวกับสังคมจิตวิทยา

การดำเนินงานของ ศอ.บต. อาศัยหลักการการมีส่วนร่วมจากทุกฝ่าย ในการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ จึงแต่งตั้งผู้นำท้องถิ่น ผู้นำศาสนา นักวิชาการ ผู้ทรงคุณวุฒิ และข้าราชการที่มีประสบการณ์เป็น คณะกรรมการที่ปรึกษา ศอ.บต. 2 คณะ และคณะกรรมการช่วยเหลือการดำเนินงานอีก 1 คณะ คือ

• คณะกรรมการที่ปรึกษา ศอ.บต. ด้านการเมืองและการปกครอง
• คณะกรรมการที่ปรึกษา ศอ.บต. ด้านเศรษฐกิจและสังคม