ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2524 เพื่อแก้ปัญหาความขัดแย้งในจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยรัฐบาลในสมัยนั้นวิเคราะห์ว่า ในการแก้ปัญหาภัยคุกคามจะใช้การปราบปรามอย่างเดียวไม่ได้ แต่ต้องใช้การพัฒนานำการปราบปราม และมีนโยบายการแก้ปัญหา เป็น 2 ด้านคือ การพัฒนา และ การปราบปราม โดยตั้ง ศอ.บต. ขึ้นอยู่กับรองปลัดกระทรวงมหาดไทย ดูแลเรื่องการพัฒนา และตั้ง พตท.43 หรือ กองบัญชาการผสมพลเรือน ตำรวจ ทหารที่ 43 ขึ้นอยู่กับแม่ทัพภาคที่ 4 ดูแลเรื่องการปราบปราม

ในปี พ.ศ. 2539 นายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรี ได้แต่งตั้งคณะกรรมการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ซึ่งมีรองนายกรัฐมนตรีเป็นประธานเป็นองค์กรในระดับนโยบาย โดย ศอ.บต. อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของปลัดกระทรวงมหาดไทย และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย รับผิดชอบงานภารกิจงานด้านฝ่ายพลเรือนและตำรวจ

การยุบ ศอ.บต.

ต่อมาเมื่อวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2545 รัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ได้ปรับยุทธศาสตร์ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยมีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ 123/2545 ยุบ ศอ.บต. คณะกรรมการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ สำนักงานคณะกรรมการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ และ พตท.43 [4]ตามคำเสนอแนะของพล.ต.อ.สันต์ ศรุตานนท์ ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ เมื่อวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2545 และให้โอนอำนาจของคณะกรรมการการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ ไปเป็นของสภาความมั่นคงแห่งชาติ อำนาจของ ศอ.บต. เป็นของกระทรวงมหาดไทย และอำนาจของ พตท.43 เป็นของกองทัพภาคที่ 4 / กอ.รมน.ภาค 4

การจัดตั้งหน่วยงานใหม่

ใน ปี พ.ศ. 2547 ได้มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 69/2547 ลงวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2547 ลงนามโดย พลเอกชวลิต ยงใจยุทธ รองนายกรัฐมนตรี ผู้ปฏิบัติราชการแทนนายกรัฐมนตรีให้กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน จัดตั้งกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน ส่วนหน้าใช้ชื่อว่า “กองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้” (กอ.สสส.จชต.)[5] เป็นศูนย์ควบคุมและแกนหลักในการประสาน การปฏิบัติงานในจังหวัดชายแดนภาคใต้ และต่อมาได้มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 200/2548 ลงวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2548 จัดตั้งคณะกรรมการนโยบายเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กสชต.) ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี

สืบเนื่องจากสถานการณ์ความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้เกิดขึ้นและดำเนินการอย่างต่อเนื่องและความรุนแรงของการก่อเหตุในช่วงแรกยังอยู่ในระดับต่ำ แต่สันนิษฐานว่า การปลูกฝังอุดมการณ์การปรับเปลี่ยน และการเตรียมจัดตั้งองค์กรใหม่ น่าจะอยู่ในช่วงแห่งการฝังตัว จนเมื่อวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2547 ได้เกิดเหตุปล้นกองพันพัฒนาที่ 4 อำเภอเจาะไอร้อง และเกิดเหตุการณ์กรือเซะ เมื่อวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2547 มีผู้เสียชีวิต 108 คน รวมทั้งเหตุการณ์ที่ตากใบ เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2547 มีผู้เสียชีวิต 85 คน จึงได้มีการจัดตั้งหน่วยงานขึ้นอีกครั้ง ตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 207/2549 จัดตั้ง ศอ.บต. ขึ้น และได้แต่งตั้งให้นายพระนาย สุวรรณรัฐ ดำรงตำแหน่ง ผอ.ศอ.บต. เมื่อวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549

เมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2552 คณะรัฐมนตรี มีมติเห็นชอบให้ ภาณุ อุทัยรัตน์ ผู้ว่าราชการจังหวัดนครศรีธรรมราช เป็นรองปลัดกระทรวงมหาดไทย และผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ผอ.ศอ.บต.)

ในปี พ.ศ. 2553 ได้มีพระราชบัญญัติการบริหารราชการจังหวัดชายแดนภาคใต้ พ.ศ. 2553 กำหนดให้มีคณะกรรมการยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กพต.) โดยมีนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน และมีหน่วยงานสำนักงานคือ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) เป็นนิติบุคคล ไม่ขึ้นต่อสำนักนายกรัฐมนตรี กระทรวง ทบวง กรม อยู่ในบังคับบัญชาของนายกรัฐมนตรี

ต่อมาวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2557 มีการประชุม คณะกรรมการที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 14/2559 เรื่อง คณะกรรมการที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยมีพลเอกกิตติ อินทสร เป็นประธานกรรมการ นายบัญญัติ จันทน์เสนะ เป็นรองประธานกรรมการ พลโทเรืองศักดิ์ สุวรรณนาคะ เป็นรองประธานกรรมการ นายศุภณัฐ สิรันทวิเนติ เป็นกรรมการและเลขานุการ นายสนั่น สนธิเมือง เป็นผู้ช่วยเลขานุการ[6]

วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2559 นายศุภณัฐ สิรันทวิเนติ ดำรงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ รวมทั้งเป็นกรรมการและเลชานุการในคณะกรรมการที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ตามคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 14/2559 นับเป็นผอ.ศอ.บต.คนแรกที่เป็นกรรมการและเลขานุการในคณะกรรมการที่เกี่ยวข้องกับการแก้ไขปัญหาความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย