เมื่อสถานีกลางบางซื่อเปิดใช้งานในเดือนมกราคม พ.ศ. 2564 ซึ่งจะเป็นสถานีรถไฟที่ใหญ่ที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ส่งผลให้สถานีกรุงเทพจะต้องลดสถานะจากสถานีรถไฟที่ใหญ่ที่สุดในประเทศไทย เป็นสถานีรองลงมาจากสถานีกลางบางซื่อ ซึ่งในอนาคตสถานีกรุงเทพจะเป็นสถานีปลายทางของรถไฟฟ้าสายสีแดงเข้มช่วง บางซื่อ-หัวลำโพง , รถไฟฟ้าสายสีแดงอ่อนช่วงบางซื่อ-หัวหมาก และจะพัฒนาพื้นที่เป็นพิพิธภัณฑ์รถไฟไทยและศูนย์การเรียนรู้

โดยในช่วงแรกที่สถานีกลางบางซื่อเปิดใช้ จะมีเพียงรถไฟทางไกลบางขบวนเท่านั้นที่สามารถขึ้นไปใช้ได้ เช่น ขบวนรถนั่งและนอนปรับอากาศรุ่น JR-West Blue train (บนท.ป.JR) ที่ปรับปรุงใหม่ซึ่งจะพ่วงกับรถไฟฟ้ากำลังปรับอากาศ (บฟก.ป.Power Car) , ขบวนรถนั่งและนอนปรับอากาศรุ่น CNR ชุด 115 คันซึ่งมีห้องน้ำเป็นระบบปิดและมีรถไฟฟ้ากำลังปรับอากาศ (บฟก.ป.Power Car) อยู่ในริ้วขบวน ส่วนรถไฟทางไกลขบวนอื่นๆจะยังคงใช้สถานีกรุงเทพต่อไปจนกว่าจะปรับปรุงห้องน้ำในตู้โดยสารเป็นระบบปิดจนเสร็จสิ้นแล้ว จึงจะทยอยไปรวมที่สถานีกลางบางซื่อต่อไป