ในแผนเดิมของระบบรถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยาน สถานีมักกะสันจะเชื่อมต่อกับสถานีเพชรบุรีของรถไฟฟ้ามหานครที่ชั้น UB ของตัวอาคาร แต่เนื่องจากเมื่อสำรวจเส้นทางแล้ว พบว่าเส้นทางดังกล่าว มีท่อส่งน้ำมันของปตท. ตามแนวทางรถไฟสายตะวันออก ท่อน้ำประปาของการประปานครหลวง และท่อน้ำทิ้งลงคลองแสนแสบของกรุงเทพมหานคร ที่การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทยรื้อย้ายจากจุดเดิมเพื่อก่อสร้างสถานีเพชรบุรี ขวางอยู่ จึงทำให้การขุดเจาะทางเชื่อมเข้าตัวสถานีรถไฟฟ้ามหานครไม่สามารถทำได้ การรถไฟแห่งประเทศไทยจึงได้เปลี่ยนแผนจากเดิมมาเป็นการก่อสร้าง Skywalk ระยะทาง 166 เมตร จากชั้น U3 ของสถานีฝั่ง City Line ไปสิ้นสุดที่ สถานีเพชรบุรี ทางออก 1 บริเวณลานจอดแล้วจรของสถานี โดยทางเชื่อมดังกล่าวแล้วเสร็จเปิดอย่างไม่เป็นทางการวันที่ 7 สิงหาคม พ.ศ. 2556 และมีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2556