ถนนเจริญกรุง บริเวณสี่แยกแปลงนาม (จุดบรรจบถนนเจริญกรุง, ถนนแปลงนาม และถนนพลับพลาไชย) ใกล้กับวัดมังกรกมลาวาส (วัดเล่งเน่ยยี่) ในพื้นที่แขวงป้อมปราบ เขตป้อมปราบศัตรูพ่าย และแขวงสัมพันธวงศ์ เขตสัมพันธวงศ์ กรุงเทพมหานคร

สถานีวัดมังกรเป็นหนึ่งในสถานีรถไฟฟ้าที่มีตัวสถานีอยู่ใจกลางพื้นที่เมืองเก่าของกรุงเทพมหานคร ภายในขอบเขตระหว่างแม่น้ำเจ้าพระยา คลองรอบกรุง และคลองผดุงกรุงเกษม โดยแผนงานก่อนหน้านี้ได้ระบุที่ตั้งสถานีและจุดขึ้น-ลงสถานีอยู่ที่ซอยเจริญกรุง 16 (ตรอกอิสรานุภาพ หรือตรอกเล่งบ๊วยเอี้ย) หรือตลาดใหม่เยาวราช ซึ่งถือเป็นย่านการค้าเก่าแก่ใกล้กับโบราณสถานที่สำคัญคือวัดมังกรฯ เป็นย่านที่มีวิถีชุมชนเป็นเอกลักษณ์และเกี่ยวเนื่องกับประวัติศาสตร์การตั้งถิ่นฐานของชาวไทยเชื้อสายจีน ดังนั้นแผนการเวนคืนเพื่อก่อสร้างสถานีบริเวณซอยเจริญกรุง 16 จึงได้รับการคัดค้านอย่างหนักจากประชาชนส่วนหนึ่งที่ได้รับผลกระทบ ซึ่งในแผนเดิมของ การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย ได้ตัดสินใจยกเลิกการก่อสร้างสถานีแห่งนี้ แต่หลังจากเปิดรับฟังความคิดเห็น จึงมีทางออกร่วมกันคือปรับเปลี่ยนทางขึ้น-ลงสถานีมาใช้พื้นที่ว่างที่อยู่ใกล้เคียงแทน ได้แก่พื้นที่รกร้างตรงข้ามวัดมังกรฯ และหน้าโรงภาพยนตร์ศิริรามา (ป้ายรถประจำทางวัดมังกรฯ ระหว่างสี่แยกแปลงนามและห้าแยกหมอมี) เพื่อลดผลกระทบจากการเวนคืน โดยจุดศูนย์กลางสถานีอยู่ที่บริเวณสี่แยกแปลงนาม ซึ่งอยู่ถัดออกไปจากซอยเจริญกรุง 16 ประมาณ 200-300 เมตร[1]

นอกจากนี้ ด้วยที่ตั้งสถานีที่เป็นย่านการค้าหนาแน่นบนถนนเจริญกรุงซึ่งเป็นถนนสายหลักในย่านเมืองเก่า และเป็นถนนที่มีพื้นที่แคบ มีการจราจรคับคั่งตลอดทั้งวัน จึงจำเป็นต้องมีการวางแผนก่อสร้างเส้นทางและตัวสถานีวัดมังกรฯ อย่างระมัดระวัง โดยเลือกวิธีการก่อสร้างแบบไม่เปิดหน้าดิน เพื่อลดผลกระทบจากการปิดการจราจร