สถานีรถไฟหนองคาย เป็นสถานีรถไฟปลายทางในเส้นทางรถไฟสายตะวันออกเฉียงเหนือตอนบนแล้วยังเป็นเส้นทางรถไฟสายหนองคาย–ท่านาแล้ง(เวียงจันทน์) จึงสร้างรางรถไฟไว้บริเวณกลางสะพานมิตรภาพไทย–ลาว 1 จากนั้นได้ให้การรถไฟแห่งประเทศไทยก่อสร้างทางรถไฟจากกลางสะพานมิตรภาพเชื่อมต่อกับสถานีรถไฟหนองคายแห่งใหม่(ปัจจุบัน)

การก่อสถานีรถไฟหนองคาย (ปัจจุบัน)

ในปี พ.ศ. 2543 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการทางรถไฟผ่านทวีปเอเชียขององค์การสหประชาชาติ รัฐบาลไทยเล็งเห็นถึงความสำคัญของกิจการรถไฟ ได้ดำเนินการก่อทางรถไฟสายหนองคาย(ใหม่)–ท่านาแล้ง ให้มีการเปิดการเดินรถไฟสายตะวันออกเฉียงเหนือตอนบนให้มาหยุดปลายทางที่สถานีนี้ ช่วงปี พ.ศ. 2545 - 2549 และในวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 หลังจากย้ายเส้นทางรถไฟเบนไปทางสะพานมิตรภาพ และปิดเส้นทาง/การเดินรถไปยังที่หยุดรถไฟตลาดหนองคาย ซึ่งได้มีการทดลองเดินรถครั้งแรกจากสถานีรถไฟหนองคาย ไปยังสถานีรถไฟท่านาแล้ง แล้วได้มีพิธีเปิดเดินรถปฐมฤกษ์และเปิดสถานีรถไฟหนองคาย(ใหม่)อย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2552 การนี้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีเสด็จประทับรถไฟพระที่นั่งจากสถานีรถไฟอุดรธานีถึงหนองคาย เพื่อเป็นองค์ประธานในพิธีดังกล่าว จากนั้นพระองค์ประทับรถไฟพระที่นั่งจากสถานีรถไฟหนองคายไปยังสถานีรถไฟท่านาแล้งในประเทศลาว ตามคำกราบทูลบังคมทูลของบุนยัง วอละจิด รองประธานาธิบดีลาว แล้วจึงเสด็จกลับพระนคร[5]

ผลการสร้างสถานีรถไฟแห่งใหม่

ซึ่งผลของการเดินรถเส้นทางใหม่ที่เบนเส้นทางไปหาสะพานมิตรภาพนี้ เป็นเหตุทำให้ต้องสร้างสถานีรถไฟหนองคายแห่งใหม่(ปัจจุบัน) ใช้แทนสถานีรถไฟหนองคาย(เดิม) โดยใช้ชื่อสถานีรถไฟหนองคาย แล้วลดระดับและเปลี่ยนชื่อสถานีรถไฟตลาดหนองคาย(เดิม)เพื่อป้องกันความสับสนกับสถานีรถไฟหนองคาย(ปัจจุบัน) เป็นที่หยุดรถไฟตลาดหนองคาย แล้วมีการเปิดเดินรถไฟระหว่าง หนองคาย-ตลาดหนองคาย ช่วงปี พ.ศ. 2545-2551 จนในที่สุดในปี พ.ศ. 2551 ก็ยกเลิกการเดินรถไฟมาที่หยุดรถไฟตลาดหนองคาย โดยการรถไฟแห่งประเทศไทยนำที่ดินของที่หยุดรถไฟตลาดหนองคายจำนวน 30 ไร่ไปทำประโยชน์อื่นเพื่อสร้างรายได้[6]