โครงสร้างสถานีเซนต์หลุยส์ จะมีรูปแบบสถานีคล้ายสถานีส่วนต่อขยายสายสุขุมวิท มีลิฟต์รับรองผู้พิการทั้งหมด 4 ตัว บันไดเลื่อน ฝั่งละ 2 ตัว ชานชาลาเป็นแบบ 2 ข้าง (side platform station) ขนาดมาตรฐาน กว้างประมาณ 20 เมตร ยาวประมาณ 150 เมตร ตัวสถานีประกอบด้วยชั้นขายบัตรโดยสาร และชานชาลา มีประตูกั้นชานชาลาแบบ Half-Height Platform Screen Doors ในส่วนหลังคาชานชาลามีการออกแบบให้ป้องกันฝนสาดและแดดส่อง โดยเชื่อมปิดหลังคาทั้งหมด