ในช่วงแรกของการเปิดให้บริการสถานีเตาปูน (6 สิงหาคม พ.ศ. 2559 - 10 สิงหาคม พ.ศ. 2560) รถไฟฟ้าสายสีม่วงเป็นรถไฟฟ้าที่ไม่มีจุดเชื่อมต่อกับรถไฟฟ้าสายอื่น เนื่องจากรถไฟฟ้าสายสีน้ำเงินยังคงเปิดให้บริการเดินรถในช่วงหัวลำโพง - บางซื่อ และส่วนต่อขยาย ช่วงเตาปูน - ท่าพระ ยังอยู่ในระหว่างดำเนินการก่อสร้าง ผู้โดยสารที่ต้องการเดินทางเชื่อมต่อกับระบบรถไฟฟ้าเพื่อเดินทางเข้าสู่กรุงเทพฯ ชั้นใน จำเป็นต้องโดยสารรถโดยสารปรับอากาศเชื่อมต่อ (Shuttle Bus) ที่ให้บริการโดย ขสมก. ระหว่างสถานีเตาปูน - สถานีบางซื่อ หรือรถไฟสปรินเทอร์เชื่อมต่อ (Shuttle Train) ที่ให้บริการโดย รฟท. (เฉพาะช่วงเวลาเร่งด่วน วันจันทร์ - วันเสาร์) ระหว่างสถานีบางซ่อน (ที่หยุดรถไฟบางซ่อน ของ รฟท.) - สถานีบางซื่อ (สถานีรถไฟชุมทางบางซื่อ ของ รฟท.)[1]

จนกระทั่งวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2559 พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติในขณะนั้นได้ออกคำสั่งโดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 44 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พ.ศ. 2557[2][3] ให้ดำเนินการเร่งรัดการเปิดให้บริการรถไฟฟ้าสายสีน้ำเงินส่วนต่อขยาย ช่วงบางซื่อ - เตาปูน ระยะทางประมาณ 1.2 กิโลเมตร โดยให้ รฟม. เจรจาร่วมกับ บริษัท ทางด่วนและรถไฟฟ้ากรุงเทพ จำกัด (มหาชน) (BEM) ให้เป็นผู้เดินรถตลอดสาย และได้เปิดให้บริการในระบบรถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล เมื่อวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2560 นับจากวันนั้น สถานีเตาปูนก็ได้กลายเป็นสถานีปลายทางของระบบรถไฟฟ้ามหานครทั้ง 2 สายในปัจจุบัน โดยผู้โดยสารสามารถเดินทางต่อเนื่องได้ทันที โดยไม่ต้องแตะบัตรโดยสารออกจากระบบ จึงได้ยกเลิกรถไฟสปรินเทอร์เชื่อมต่อเมื่อวันที่ 3 สิงหาคม พ.ศ. 2560 และยกเลิกรถโดยสารปรับอากาศเชื่อมต่อเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2560

นับตั้งแต่วันที่ 4 ธันวาคม พ.ศ. 2562 สถานีเตาปูนไม่ใช่สถานีปลายทางของรถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล (สายสีน้ำเงิน) อีกต่อไป เมื่อ รฟม. ได้เปิดทดลองให้บริการรถไฟฟ้าสายสีน้ำเงินส่วนต่อขยาย ช่วงเตาปูน-ท่าพระ[4][5][6] แต่ทั้งนี้ สถานีเตาปูนยังคงเป็นสถานีปลายทางสำหรับรถไฟฟ้ามหานคร สายฉลองรัชธรรม (สายสีม่วง) ต่อไป จนกว่าจะได้ความชัดเจนในการก่อสร้างส่วนต่อขยาย ช่วงเตาปูน - ราษฎร์บูรณะ