เนื่องจากสถานีเตาปูนทำหน้าที่เป็นทั้งสถานีชุมทางสำหรับตัดระยะในชั่วโมงเร่งด่วนช่วงเช้า (เฉพาะวันจันทร์ - ศุกร์ ยกเว้นวันหยุดนักขัตฤกษ์ เวลา 07.00 - 09.00 น.) ของสายสีน้ำเงิน[7] และสถานีปลายทางสำหรับสายสีม่วง การใช้งานสถานีจึงมีการบริหารจัดการดังต่อไปนี้

• ชานชาลาสายสีน้ำเงิน เนื่องมาจากมีการปรับแผนการเดินรถให้มีประสิทธิภาพด้วยการแยกระหว่างขบวนไปสถานีเตาปูน และสถานีท่าพระ เฉพาะในชั่วโมงเร่งด่วนช่วงเช้า รถไฟฟ้าที่สิ้นสุดที่สถานีเตาปูน จะใช้ชานชาลาที่ 2 เป็นชานชาลาปลายทาง ผู้โดยสารที่ต้องการเดินทางไปสถานีท่าพระ จะต้องออกจากขบวนรถ แล้วรอรถขบวนถัดไปที่ชานชาลาฝั่งตรงข้าม

• ชานชาลาสายสีม่วง เนื่องจากเป็นสถานีปลายทาง เมื่อขบวนรถจากสถานีคลองบางไผ่มาถึงสถานีเตาปูนแล้ว ผู้โดยสารที่เดินทางมาจากสถานีรายทางจะต้องลงจากขบวนรถทั้งหมด และเนื่องจากเป็นชานชาลาเกาะกลาง ผู้โดยสารที่จะโดยสารไปยังสถานีคลองบางไผ่จะใช้ชานชาลาร่วมกับผู้โดยสารจากสถานีรายทาง โดยผู้โดยสารที่จะโดยสารไปยังสถานีคลองบางไผ่จะต้องรอจนกว่าผู้โดยสารจากสถานีรายทางลงจากขบวนรถทั้งหมด และรอให้เจ้าหน้าที่ทำการตรวจสอบสภาพของรถไฟฟ้าให้เรียบร้อยเสียก่อน โดยตั้งแต่วันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2563 จะปรับรูปแบบการเดินรถเทียบชานชาลาเป็นช่วงเวลา ดังนี้ เวลา 06.00 น. - 15.00 น. ขบวนรถจะจอดรับ-ส่ง ที่ชานชาลาหมายเลข 3 และเวลา 15.00 น. - 23.24 น. ขบวนรถจะจอดรับ-ส่ง ที่ชานชาลาหมายเลข 4 [8]