สถาบันปาสเตอร์ หรือสถานปาสเตอร์ (อังกฤษ: Pasteur Institute, ฝรั่งเศส: Institut Pasteur) เป็นองค์กรวิจัยซึ่งไม่หวังผลกำไร เริ่มดำเนินการขึ้นในฝรั่งเศสเมื่อวันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ. 2430 และทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2431 วัตถุประสงค์ของสถาบันคือ เพื่อเป็นแหล่งศึกษาค้นคว้าวิจัยในด้านชีววิทยา จุลชีพ โรค และวัคซีน ปัจจุบันมีสาขาในประเทศต่าง ๆ หลายประเทศผู้ก่อตั้งสถาบันคือ หลุยส์ ปาสเตอร์ นักเคมีชาวฝรั่งเศสผู้วางรากฐานการแพทย์สมัยใหม่ โดยได้คิดค้นการพาสเจอไรซ์ซึ่งเป็นเทคนิคการฆ่าเชื้อในอาหารแบบหนึ่ง นอกจากนี้เขายังได้คิดค้นวัคซีนต้านไวรัสโรคพิษสุนัขบ้า และแบคทีเรียโรคแอนแทรกซ์สถาบันปาสเตอร์ถือเป็นสถาบันแนวหน้าในการต่อสู้กับโรคติดต่อนานาชนิดมากว่าศตวรรษแล้ว เช่น โรคคอตีบ บาดทะยัก โปลิโอ ตลอดจนเป็นสถานที่ทำงานของนักวิทยาศาสตร์ผู้ได้รับรางวัลโนเบลหลายคน